任何一种优良品种，如果不注意选种保种工作，往往会造成质种退化、产量下降以及其他性状变差。建鲤遗传性状稳定，能通过自群繁育，把本品种的优良险状遗传给子代。但是，不同的鲤鱼品种，很容易相互交配和混杂，同一品种的个体间也有差异，生活环境对品种的性状也会有较大的影响。因此，必须重视良种选育，按照品种的指标，选择有关性状都好的鱼做亲鱼培育，让其繁殖后代。
建鲤的选种，主要注意生长速度、体型、体色三个方面的指标。
生长速度主要表现在增重和增体长两个方面，尤其是增重，就是在相同饲养条件下，从同一批鱼中选择最大的个体；体型也直接影响到市场销路和价格，现有群众较喜欢长体型的。建鲤应选择尾柄长与尾柄高的比值等于或大于1，体长与体高比值大于群体平均值的优良个体，建鲤体色应选择青灰色较泛白的个体。
选种方法，常根据建鲤不同发育阶段的特点，并与养殖措施结合起来，进行夏花、冬片或春片、后备亲鱼和产前亲鱼4次筛选。夏花以筛选为主，以生长速度为主要指标，冬片或春片以手选为主，注重生长速度和体型，淘汰红色鲤鱼；后备亲鱼着重于综合性状的全面评价；产前亲鱼要进行复审和雌雄比例与配组。
保种，应注意生产专业化，即一个单位或渔场，最好只生产一种鲤鱼。凡生产建鲤的单位，不要再生产其他鲤鱼，更不要生产杂交鲤；应注意做到专池饲养，严格防止与其他鲤鱼混杂；还要注意亲鱼的更新,亲鱼使用的最佳年龄是有限的,雌鱼一般为3-5年,需要不断由后备亲鱼补充。同时为防止渔场内小群体可能发生的近亲交配和遗传漂变，应定期从原种场或研究单位引进新的纯种亲鱼。
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