鳗鱼疾病根据其发病原因不同，大致分为感染性疾病、营养性疾病和其他因素引起的疾病等三大类型。
1、感染性疾病
当病毒、真菌、寄生虫等病原体侵入鱼体，在内脏、机体组织内进行生长、繁殖，结果引起了鱼体代谢失调、发生病理变化，导致鱼体表现出病态甚至死亡，这类疾病称之为感染性疾病。这类疾病又因不同的病原体感染可分为病毒性疾病、细菌性疾病、真菌性疾病和寄生虫性疾病。
2、营养性疾病
鳗鱼饲料营养素不全面或饲料变质，会减弱鳗鱼的抵抗力，致使发生代谢障碍，生理失调。如维生素缺乏症和脂肪肝等。
3、其他因素引起的疾病
即由于某些生物因素或机械、物理、化学等非生物因素引起的病害。其中主要是由于水质环境变化引起的，如池水缺氧浮头、池水气体含量过饱和而产生气泡病、池水pH值变化过大以及氨、亚硝酸盐等氮化合物显著积累等。
