肉眼检查（简称目检）是诊断鱼病的主要方法之一。用肉眼找出病鱼患病部位的各种特征或一些肉眼可见的病原生物，从而诊断鱼患了什么病。对鱼体进行目检的部位和顺序是体表、鳃和内脏。具体方法为：
一、体表
将捞出的活病鱼或刚死不久的病鱼放在鱼盘或白瓷盘中，对头部、嘴、鳃盖、鳞片、鳍条进行仔细观察，看是否有大型病原生物，就要根据患病部位的症状来辨别，并把观察到的症状联系起来加以综合分析。如鱼体发黑，口腔充血，背部肌肉发红，剥皮肌肉出血，鳍基充血，肛门红肿，为病毒性出血或肠炎；头部乌黑，鳃盖骨腐蚀成小洞或鳃丝发白腐烂，为烂鳃病；鳞片脱落，鳍条断折，体表充血、发炎，为赤皮病；尾柄及腹部两侧出现腐烂成指印状的红斑，由外部烂入，为打印病；病变部位发炎、脓肿，有浮肿感觉，溃疡部由肌肉内部烂出，表皮完好，为疖疮病；生有旧棉絮状白色物，为水霉病；表现出眼睛混浊，有白内障，为复口吸虫病；病变部位发白，为白皮病；部分鳞片发炎红肿，呈红点，有针状虫体，为铁锚虫病；形似臭虫状的虫体则为鲺；2龄青鱼腹部膨大，鳃丝发白，贫血，为球虫病；肛门红肿，为肠炎病；鳙腹部膨大，眼睛突出，为血居吸虫病；鱼下唇突出，无其他症状，为缺氧浮头而死；鱼眼球突出，鳞片松立，一般为池水有毒所致。
二、鳃
鳃部的检查，重点是鳃丝。首先应注意鳃盖是否张开，然后用剪刀剪去鳃盖，观察鳃片的颜色是否正常，粘液是否较多，鳃丝末端是否有肿大和腐烂现象。如是细菌性的烂鳃病，则鳃丝末端腐烂，粘液较多；鳃霉病，则鳃片颜色比正常鱼的鳃片颜色较白，略带血红色小点；如是口丝虫、隐鞭虫、车轮虫、斜管虫、指环虫和三代虫等寄生虫性疾病，则鳃片上有较多粘液；如是双身虫、部分指环虫、以及粘孢子虫囊等寄生虫，则常表现鳃丝肿大，鳃盖张开等病状。
三、内脏
内脏检查以肠道为主，将病鱼一边的肠壁剪开，先观察是否有腹水和肉眼可见的寄生虫（如线虫、双线绦虫等），其次应仔细观察各内脏的外表，看是否正常，最后用剪刀把咽喉部的前肠和肛门部位的后肠肠道剪断，取出内脏，置于白瓷盘中，把肝、脾、胆、鳔等器官逐个分开，再把肠道从前肠至后肠剪开，分成前中后3段，置于盘内。把肠道中的食物、粪便除去，仔细观察肠道中是否有吸虫、绦虫等。肠壁上是否有粘孢子虫胞囊或球虫，若有则会在肠壁上有成片或稀散的小白点。肠壁是否充血、发炎、溃烂等。
