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区别变态茎和根可以从它们的形态、结构和功能的不同入手，变态根的表皮有根毛，没有气孔，而变态茎的表皮没有根毛，但是有气孔。变态根中有内皮层，而茎中没有内皮层。变态茎和根的初生木质部与初生韧皮分别是并列排列和相间排列的。
1、形态不同
区别变态茎和根可以从他们形态的不同入手，变态根的表皮是有根毛的，但是没有气孔，而变态茎的表皮没有根毛，但是往往具有气孔。所以在区分变态茎和根的时候，可以先观察其外部形态，以这个明显的差别作为区别。
2、结构不同
变态根中具有内皮层，内皮层的细胞有凯氏带，维管柱有中柱鞘，而大多数的双子叶植物茎中没有显著的内皮层，也没有凯氏带。根中的初生木质部和初生韧皮都相间排列，各自成束，相比之下茎中的初生木质部与初生韧皮部内外并列排列。
3、功能不同
马铃薯符合变态茎的结构，红薯符合变态根的结构，他们的功能是由不同的环境决定的，可以直观的从马铃薯上看到叶芽，可以从红薯上面看到呈须状物的侧根。所以除了他们形态、结构上的不同之外。还可以根据周围环境和功能的不同作为判断依据。
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