有机肥料是农业生产的重要肥源，在培肥地力、减少化学肥料投入、搞好耕地地力建设、提高作物产量和改善品质方面具有重要作用。但有机肥原料一般为工农业与生活废弃物，其取材广泛、成分复杂，在使用时有许多容易被忽视的一面，现就常见的一些注意事项分类阐述如下：
1 有机肥的优点
1.1 营养丰富
有机肥容易腐熟、肥效相对较快，是一种比较均衡的优质完全肥料，营养元素全面、肥效持久，内含N、P、K等大量营养元素和Ca、Mg、B、Zn、Mn、Mo等中微量元素，氮、磷、钾总含量一般可超过8%，在土壤益微生物和有机胶体的作用下，可使施用的各种肥料利用率提高、作用持久。
1.2 有机肥是符合时代要求的“环保肥”
有机肥具有蓄水、节约用水、减少水分流失与蒸发、减轻干旱的作用，可以减少化肥施用、减轻盐碱损害、调理土壤、激活土壤中微生物的活跃率，还可克服土壤板结、增加土壤空气通透性。
1.3 可以提高农产品品质
有机肥可使果品色泽鲜艳、个头整齐、成熟集中，瓜类农产品含糖量、糖酸比、维生素含量都有提高，且口感更好；棉花纤维长度增加，其他作物的品质均有改善，有利于扩大出口和提高售价。
1.4 可改善作物的农艺性状
作物茎秆粗壮，叶色浓绿，开花提前，坐果率高，粒度均一，果实商品性好，上市时间提早。
1.5 有益微生物含量高
有机肥进入土壤后，内含的多种有机介质在土壤中增加多种功能性微生物，在生长繁殖过程中产生了大量的次生代谢产物，促使有机物的分解转化，从而直接或间接为作物提供多种营养和刺激性物质，促进和调控作物生长。此外，有机肥在作物根系形成的优势有益菌群能抑制有害病原菌繁衍，增强了作物抗病性和抗逆性，减轻了作物的土传性病害，降低了发病率。
2 对有机肥负面作用的客观认识
随着经济的发展，有机肥的肥料来源逐渐扩大，当前的有机肥来源与小农经济时的有机肥成分已有明显的不同，无论是农业生产来源还是工业废弃物、生活垃圾等，都可能产生毒副作用，因而不能等闲视之。
2.1 有害生物的影响
畜禽粪便、作物秸秆等有机废弃物由于可能含有较多的病菌、虫卵、草籽等，未经严格处理则会引起农作物病、虫、草害；也可能通过农作物传播一些对人类健康有损害的病原微生物。
2.2 重金属和盐分的积累
以城市污泥、生活垃圾等为主体的有机肥，可能含有较高的重金属和盐分；而以规模养殖场的畜禽粪便为来源制成的厩肥等，因为在养殖过程中饲喂的饲料中添加了含有重金属和盐分等的成分，这些重金属和成分也会存留在粪便中，最终导致以此为基础的有机肥重金属和盐分过多，如果不加以适当处理或控制用量，长期大量施用则会造成土壤重金属污染、盐分累积和作物重金属含量超标。
2.3 动物排泄物中药物残留的影响
由于药物具有生物效应，动物用药以后，药物以原形或代谢物的形式随粪尿等排出，以此为基础生产的有机肥便会存在药物的毒副作用.
2.4 产生土壤养分障碍
有些有机肥，如禽粪、厩肥等营养成分含量较高，一次性使用量过大时，一方面会直接造成肥害，影响植株生长，甚至毁苗；另一方面使得土壤氮素硝化作用增强，造成土壤硝态氮的积累，进而可能使植株硝酸盐含量增加。而有些有机肥碳氮比很高，如秸秆堆肥等，施入土壤后由于微生物活动的需要而与作物争氮，又会引起氮素不足。
2.5 植物生长抑制作用
未经处理的有机废弃物、未充分腐熟的堆肥产品都可能对种子发芽和苗期生长产生毒害作用。参照国内外对堆肥使用的标准，有机肥必须经3d以上且高于55℃的温度腐熟才能安全使用。
3 生物有机肥的特定用法
生物有机肥是指特定功能微生物与主要以畜禽粪便、农作物秸秆等动植物残体为来源并经无害化处理、腐熟的有机物料，经工业化复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。
3.1 施用生物有机肥的基本方法
苗床与撒播的作物，肥料撒施；移栽的则穴施或沟施；追肥开环状或“井”字形的进行沟施。施肥深度与范围要在根的有效吸收限度内，并尽量增加根能接触的面积。施肥后一定要与土壤拌匀，并加盖新土保湿。此外，施肥后一定要浇湿施肥部位，并长期保持施肥部位土壤土壤持水量在50%～70%之间，以利微生物保持活性。
3.2 施肥的一般要求与管理
（1）土壤酸碱度以pH值5.5～8.5时肥效最好，酸碱度过低或过高都要调整pH值后再施用，不能与杀菌剂、除草剂、生理酸性肥料、生理碱性肥料同时使用，如不能避免，应间隔48h以上。
（2）生物有机肥在使用时，环境温度不能低于5℃或高于40℃，土壤和空气湿度不能低于30%。温度低于5℃或高于40时℃，菌株生长缓慢且效果差。
（3）生物有机肥不能与含硫较高的化肥（如硫酸铵、硫酸钾等）料并用，也不能在含硫较高的土壤上施用。
（4）肥料应存放在避光、避雨处，打开包装后不要久放，最好一次用完，暂时用不完的要扎紧袋口，以免降低肥效。
（5）与化肥混施时，要现配现用，并与土充分拌匀。
（6）土壤干旱时要及时灌水，土壤有机质含量太低时，施用量要加倍。
（7）在使用生物有机肥时，应选择在晴天下午4～6时以后或早上10时以前，喷雾前用洗衣粉清洗喷雾器。基肥、灌根应及时覆土，以免影响肥效。
3.3 施肥时对施肥对象的特殊要求
3.3.1 一年生旱地作物与蔬菜
毎667㎡施150kg，与农家肥或复合肥现拌现施。
3.3.2 水稻与水生作物
毎667㎡水稻施40kg，毎667㎡莲藕、茭白等施100kg，在最后一次犁田时撒施。
3.3.3 苗床
毎667㎡用100kg，与农家肥和少量复合肥撒施，并与土拌匀。
3.3.4 多年生果树与苗木
第一次的定植坑，每株用15～20kg，与农家肥、磷肥、秸秆、土壤拌匀；幼年树每年每株用2kg，沟施；成年树每年开春每株用3～5kg，与农家肥或化肥拌匀，沟施；果实膨大期每株用3～5kg，与农家肥拌匀，沟施。
