韭菜秋季施肥，有利于营养积累。但过早施肥容易引起韭菜疯长，降低植株的抗逆能力，增加倒伏机率，再加上正值高温多雨季节，更加容易导致疫病的发生。而过晚施肥则会因为温度的逐渐降低而使韭菜不能积累足够的营养。
为了保证韭菜当前的生长需求和今后的营养积累，施肥应掌握“三结合”的原则，即速效肥与缓效肥相结合，大量元素肥与微量元素肥相结合，有机肥与无机肥相结合。其中要注意几点：施用豆饼或鸡粪时要充分腐熟，使用商品有机肥要选择优质产品，微量元素肥要补充全面。
选晴天下午，先进行一遍划锄，每亩地将复合肥40公斤、硫酸亚铁3.5公斤、硼砂1.5公斤、硫酸锌2.5公斤、硫酸锰2.5公斤，豆饼500公斤~750公斤混合均匀，用1000倍的辛硫磷水溶液将混合后的肥料均匀喷透，在韭畦间撒匀后，再用耙子伸入韭菜架底下顺垄划锄，尽量不要将有机肥暴露在地表，否则失去施肥的意义。
最后，再顺垄浇大水一次，并在整畦叶面喷施辛硫磷、敌百虫或菊酯类药剂严防苍蝇下卵。隔5天~7天再浇第二水。注意，当年种植的新韭菜应趁韭叶尚未交叉封垄前，划锄2厘米~3厘米，均匀施肥后再进行一次划锄和浇水。
浇过第二水以后，应每隔7天~10天进行一次追肥，以40公斤左右的复合肥为主，至寒露时停水控长，让韭菜积累营养，以备今年冬季与明年春季的生长需求。
