沼气发酵通常以人畜粪便为主，目前随着养殖业集约化水平的提高，农村散养户相对减少，沼气发展由于缺乏发酵原料而陷入了困境，不少以前建成的沼气池因此而停用。用农作物秸秆生产沼气的新技术，可使因缺乏发酵原料而停用的沼气池重新焕发生机。农作物秸秆作沼气发酵原料主要分为全秸秆沼气发酵、秸秆与人畜粪便混合沼气发酵两种。不同的发酵原料，其预处理、添加菌种等入池前的操作方法也不尽相同。
一、粉碎：将稻草切短或粉碎到6厘米以下的段，每立方米沼气池需稻草45-50公斤。
二、润湿：将经铡短的稻草和水按1:1的比例润湿，操作时边加水边翻料，润湿要求均匀。润湿时间为15-24小时。
三、拌料：稻草、菌剂、碳氨按40:0.1:0.5的比例，将菌剂和碳氨混溶于水中后，边翻边泼在已润湿好的稻草上，将它们混合均匀。使稻草含水率在65-70%。
四、堆垛：将搅拌好的稻草按1.2-1.5米宽，0.6-1.5米高的标准堆成垛。在垛四周及颈部间隔30-50厘米处扎孔若干，严禁拍打压实，用薄膜将垛四周及颈部盖上，底部留10厘米缝隙通气，进行堆沤。夏季3-4天，冬季4-6天，沤到稻草上有一层白色菌丝时即可。
五、入池：将堆沤好的稻草趁热从天窗口直接倒入池内，同时将碳氨、接种物均匀加入沼气池中，并加水至零压水位处，最后在原料中打孔若干，以利甲烷产出。接种物一般为沼气池容积的10-30%，稻草和碳氨的比例为40:1。
六、封池：排放2天废气后即可封池试火。
七、换料：半年后，随着稻草的分解，此时需大换原料。出料时打开天窗盖，做好必要的防护措施，用抓爪或四齿耙直接出料。
