棉花蕾期主要病虫害有棉铃虫、盲蝽蟓、红蜘蛛、棉花枯萎病。
防治棉铃虫
自推广抗虫棉以来，不用药治基本上控制了第二代棉铃虫的为害；但抗虫棉对棉铃虫的抗杀作用有一定限度。如2010年是“倒春寒”年份，第二代棉铃虫发生较重，加上当年棉花晚发，更有利于第三代棉铃虫的产卵为害，因而采取了综合防治措施进行防治，取得了理想的防治效果。1.农业防治措施：结合修棉人工抹杀棉株上的虫卵，把打下的枝叶带出田外集中销毁。2.物理防治：采用杨树枝把诱蛾、玉米诱集带诱集棉铃虫成虫等，有效推迟和减少了棉田用药次数。
防治红蜘蛛
红蜘蛛聚集在叶背面刺吸汁液，棉叶被害后，先失绿，叶上出现黄白斑点，而后呈红斑，红斑扩大后焦枯似火烧。1.红蜘蛛的防治指标：棉花蕾期红叶株率5%~14%或百株螨量200头以上。2.防治用药：阿维菌素+哒螨灵进行防治效果较好，最近新产上市的几种复配药有：“全宽农药”和“阿维高全管”，具有兼治棉铃虫既杀虫又杀卵，持效期较长，药效期30天，重点喷叶背面。
防治第二代盲蝽蟓
据调查棉花蕾期盲蝽蟓发生较普遍，一般棉田被害株率在15%~20%，严重地块达30%以上，减产严重，必须抓住关键期及时用药，药治在破叶之前。防治用药：3%啶虫脒3000倍液或4.5%高效氯氰菊酯乳油1000倍液+10%吡虫啉2000倍液，早晚喷雾。
蕾期枯萎病防治
枯萎病在棉花苗期开始发病，到现蕾前后进入发病高峰，棉株得病后叶片卷曲、失绿、维管束受害变褐，影响水分运输，造成大量死苗，使棉花减产和品质降低，其以土壤、种子带菌为主，因此在防治上以播种前种子消毒处理为关键措施。苗期田间发现零星病株，应立即拔掉烧毁。发病较重地块可亩用棉枯净30克，对水45公斤，或用80%乙蒜素、12.5%速效治萎灵等药剂+磷酸二氢钾、“绿风95”等叶面肥，采用喷雾与灌根相结合的方法，每株灌药液50~100毫升，隔5天用一次药，连续用药2~3次。未发病地块应喷洒黄腐酸有机肥或磷酸二氢钾、绿风95，每7天一次，连喷2~3次。
