1、疫病引起的烂果
疫病从辣椒苗期到结果期都有发生，是造成辣椒花、叶、果凋落的主要病害。烂果多数从蒂部开始，发生初期病部产生水渍状暗褐色斑点，病部和健部有明显的界限，后迅速变褐软腐；湿度大时表面长出白色霉层，果实干缩后残留在枝上，不易脱落。
防治方法：(1)加强田间管理，注意通风透光，防止湿度过大，栽培中要与十字花科蔬菜轮作，避免与瓜类、茄果类蔬菜轮作。(2)选用64%杀毒矾50倍液或50%甲霜灵锰锌800倍液，喷洒与浇灌相结合，隔7天用1次，连用2～3次。
2、软腐病引起的烂果
病果初生水渍状暗绿色斑，后期全果软腐，有恶臭味，果皮变白，果实失水后脱落或挂在枝上，其它部位症状很少。该病为细菌性病害，病菌通过雨水或灌溉水传播，染病后病菌又可通过烟青虫传播。
防治方法：(1)大棚加强通风，防止湿度过高。四周开好排水深沟，以免雨后积水。(2)采用10%吡虫啉1000倍液或5%抑太保1000倍液杀灭烟青虫。(3)雨前雨后及时喷洒72%农用链霉素4000倍液，或30%DT500倍液，或77%可杀得600～800倍液，连喷2～3次，每7～10天左右一次。
3、炭疽病引起的烂果
整个结果期都有发生，结果中后期发病较重，果实接近成熟时易染病。初呈水浸状黄褐色圆斑，边缘褐色，中央灰褐色，斑面有隆起的同心轮纹，常密生小黑点。潮湿时，病斑表面溢出红色黏稠物；干燥时，病部干缩成膜状，常开裂露出种子。叶部感病，初期为水渍状绿斑点，后期变为边缘褐色、中央浅灰色的小斑。
防治方法：(1)种子消毒；(2)加强田间管理，避免栽植过密，及时整枝去老叶，以利通风透光，雨季注意开沟排水，避免田间积水，防止果实日灼。(3)选用70%甲基托布津600～800倍液或75%百菌清800倍液，隔5～7天喷1次，连用2～3次。
4、灰霉病引起的烂果
该病主要发生在辣椒的幼果期，以门椒、对椒发病最重，在幼果期顶部或蒂部出现褐色水渍状病斑，后凹陷腐烂，呈暗褐色，表面形成灰色霉层，其他部位症状减少。
防治方法：(1)加强通风管理。上午棚内保持较高的温度，使棚顶露水雾化；下午适当延长通风时间，以降低棚内湿度；夜间要适当提高棚温，减少结露。(2)及时清除病株，防止病菌传播蔓延。植株发病后，要及时摘除病叶、病果，拔除严重的病株，集中烧毁。(3)药剂防治；选用50%速克灵2000倍液或50%扑海因1500倍液喷雾，隔5～7天喷1次，连续防治2～3次；如棚内温度低、湿度大时，可用一熏灵烟雾剂连续或交替熏蒸2～3次，效果更佳。
