随着外界温度的变化加大，棚室蔬菜发生病害的数量相应增加，所以一定要加强棚菜的管理，一旦发病要及时防治。
1.根腐病：这是由地温下降以及浇水不合理引起的，地温下降而寒根、沤根很容易引发根腐病。在这段时间，不要过重地冲施大量复合肥，改用腐殖酸、微生物肥料。灌根首选药剂恶霉灵、甲基立枯磷。
2.死棵：发生原因：低温下降，生殖生长处于旺盛期，需要大量的营养物质，植株生长势减弱，抵抗力下降，浇水施肥不合理，病原菌传播途径控制不严。防治土传病害，应采取杀菌剂加壮根剂共同灌根的方式。
3.细菌性病害：近期要防止细菌性病害的发生，因为这类病害要求比较高的空气湿度，温度要求不是很严（15-40℃），要注意防止细菌病害的发生，可以在真菌病害的防治药剂中掺上细菌性药剂，共同防治(例如黄瓜霜霉病与细菌性角斑病，要一起防治)。
4.白粉病：在温度25-30℃的情况下，阴天与晴天交叉出现，容易引起此种病害的大面积发生，而近期的大棚温度正是如此，所以，白粉病发生比较普遍。温度高，利于白粉病的发生流行。防治药剂可选：三唑酮、金霉唑、福星、特富灵等。如果在阴雪天，可以利用百菌清烟雾剂熏棚。另外，在使用带“唑”字的药剂时，要控制好浓度，防止抑制植株的生长。
