冬暖棚黄瓜的病害主要有霜霉病、炭疽病、灰霉病、细菌性角斑病、白粉病、黑星病、疫病、病毒病、枯萎病、线虫病等；虫害主要有蚜虫、茶黄螨、白粉虱等。其防治方法可分为三种类型，土传病害的防治；叶、果、茎病害的防治；虫害的防治。
一、土传病害的防治。如枯萎病，线虫病等，可采取以下四种方法：
1、与非瓜类作物轮作5年以上。日光温室要尽量建在无病地块上。对于老棚，在有条件的情况下，可更换土壤。
2、采用嫁接法。用黑籽南瓜作砧木进行嫁接，防效在95%以上，且结瓜早，产量高。
3、高温防治。在三夏高温季节，进行闷棚灭菌，即在7月份晴天时，用薄膜盖棚3-5天，使棚温升高到55-60℃，杀灭病菌。
4、药剂处理土壤。在耕翻地时，每亩撒施生石灰50-100千克，耕翻后立即浇水，可杀死土壤中的病菌，也能较好地杀死线虫。
二、叶、果、茎病害的防治。如霜霉病、灰霉病、角斑病、病毒病等，可采取以下三种方法：
1、若是真菌性病害或有状物生成的病害，晴天可用百菌清、速克灵、杀霉灵、甲基托布津等药剂喷雾防治；遇阴雨雪天气，可用百菌清、速克灵等烟剂熏蒸防治。应尽量减少喷雾次数，降低棚内湿度。
2、若是细菌性病害，如适时放风降湿、降温，同时要喷施农用链霉素、DTM、霜疫灵等一些细菌性药剂，喷药时间以中午为好。
3、若是病毒性病害，如黄瓜病毒病、花叶病，首先要在前期防治好病毒传播媒介蚜虫，灰飞虱等，同时，发现病毒病后，要及时喷施病毒A、菌毒清、杀毒矾等，以控制病害蔓延，并适当喷一些赤霉素，确保植株正常生长。
三、黄瓜虫害的防治。如蚜虫、茶黄螨、白粉虱等，要选用一些高效低毒农药进行喷雾防治，如蚜螨净、抗蚜灵、扑虱灵等农药。遇阴雨雪天气，可用一些锯末、麦糠拌敌敌畏农药熏蒸灭虫。
另外，在病虫害混合发生时，可将杀虫剂与杀菌剂混合施用。
