苹果树烂根病发生的原因主要有：生长期雨水过多，土壤中含水过量，排水不良，施肥不当，土壤板结，有机质少等导致土壤透气性太差。栽植过深或培土过厚，耕作时伤害根部等，也易导致烂根病的发生和加重危害程度。
引起苹果树烂根的主要病害有苹果根朽病、白绢病、白纹羽病、紫纹羽病等。这几种烂根病除危害苹果树外还可危害梨、桃、李、樱桃等果树。防治烂根病的主要方法有：
加强栽培管理创造不利发病条件
①做好排水。雨季来临前，挖好排水沟，及时排除积水和过多水分，降低地下水位和土壤含水量，切忌积水涝根。
②翻园施肥。在采果后的9～10月，深翻果园，重施基肥，肥料多用元素齐全、含有机质多的农家肥和绿肥，把板结贫瘠的土壤尽快改良成疏松肥沃的土壤，从而改善根际层土壤的水肥气热，为根系创造良好的生长条件。
③增施石灰。土壤偏酸的果园，在生长季节，结合中耕除草，增施适量石灰，把pH值调节到6.5以上，以改善土壤理化性质，创造不利于病害发生的环境。
④合理负载。花果过多的树要做好疏花疏果，并细心耕作，保护根系和根颈少受伤害，以减少病菌侵染和增强抗病能力。
及时处理病株防止病害蔓延
①开沟封锁。初见病株或病株少时，立即在病株四周滴水线下开深沟封锁，并浇5波美度石硫合剂，以免病根与四周邻近果树的健根接触，防止病害蔓延。
②清根消毒。刨开树盘土壤检查，发病重的，锯除完全腐烂大根，刮净病部腐烂皮层和木质，捡净集中烧毁。刮后病部及周围土壤浇5波美度石硫合剂，干后再在病部涂刷2～4倍腐必清，进行消毒和治疗；如正逢雨季，应趁机晾根15～20天，再用无病菌土覆盖还原。
③靠接换根。大根腐烂多的，在做好清根消毒后，沿主干脚呈三角形栽三株根系发达生长健壮的砧木，成活后用“靠接”接在主干上，用新砧木的根系来代替老砧木的功能，以挽救垂危植株和促进恢复树势。
④及时追肥。大根腐烂多的树，在患病期，由于严重影响了养分的吸收、运输和上下交换，造成树体养分不足，因此在做完处理后，应及时喷施1次300倍复合肥液，并在新根生长时追施1次腐熟人畜粪尿水和适量过磷酸钙，以补充养分和促进新根生长。
