一、容易留下病菌，黄瓜植株中不少患有根部病害，若根系拔除不彻底，病原菌会继续滞留在土壤中，危害下茬蔬菜。因此，黄瓜拔园时一定要将根系全部拔出来，若土壤较干，可在拔园前轻浇一遍水，将土壤湿润。必要时可采取挖除，以免须根断留在土壤中。另外，在拔园前最好在有病株的地方做好标记，拔园后将病穴用生石灰或药液重点处理一下，以彻底消灭病菌。
二、容易将根系上的根结线虫留在土壤中，有根结线虫的棚室，大量的根结线虫会附带在黄瓜根系上，若拔根不彻底，会继续留在土壤中，危害下茬蔬菜。因此，黄瓜拔园时，可利用此机会将附在根系上的根结线虫彻底带出来。所以，黄瓜拔园时除根一定要干净彻底。
