韭菜在温室内能够连续生长，所以菜农普遍采取增加收割频率的方式获取更多产量，但这种做法易导致韭菜长势变弱，品质下降，甚至会导致病害加重。而合理收割韭菜，能够改善韭菜根茎部的营养状况，有利于促进韭菜稳定健康生长，确保韭菜品质优良和产量稳定。
收割时机要适宜温室韭菜最佳收割时间间隔是30至40天，此时韭菜植株高度一般在30至40厘米，叶片数达到5至7片，植株体内各种营养物质的含量也比较高，品质和产量都处在最优状态。收割过早，植株总体高度和养分积累尚不充分，产量较低；收割过迟，植株易倒伏，老叶易黄化，感染病害风险增加。田间发生灰霉病等病害时，若植株高度已经超过25厘米，综合考虑各种因素，可以进行提前收割，有利于病害防控和保持总体产量的相对稳定。
收割时宜选用锋利干净的镰刀，在晴天早晨或晚上进行，以早晨棚室内排湿后进行收割为最佳。清晨的韭菜水分充足，直立挺拔，收割后韭菜新鲜脆嫩，风味浓郁，储运时间短，产量和品质都比较好，利于销售。低温寡照天不宜收割韭菜，因为此类天气下棚室内往往高湿低温，韭菜生产缓慢，长势偏弱，收割后产生的伤口易感染病害。
留茬高度要适中留茬高度是指收割位置与韭菜鳞茎（葫芦头）上端的距离，高度以3至4厘米较为理想。从刀口颜色上判断，截面呈浅黄色为宜，若颜色偏绿说明留茬过高，若偏白色说明留茬过低。韭菜留茬过高，影响当茬韭菜的产量和品质；留茬过低，极易损伤叶鞘基部分生组织，既会推迟下茬收获时间，影响下茬产量，使全年总产下降，又会导致植株早衰，抗病性下降。
收割次数要适当收割次数应根据植株长势、田间水肥、病虫害发生情况以及市场需求而定，整个冬春季以3次收割为最佳，最多不宜超过4次。
割后管理要适当温室韭菜收割前一星期内应避免浇水施肥，加强通风排湿；收割后，棚室内应加强保温，在新叶长到4至5厘米之前不宜浇水施肥。
