北方旱作玉米区苗期田间病害以苗枯病（根腐病）为主，从种子萌芽到3-5叶期的幼苗多发，病芽种子根变褐腐烂，且可扩展到中胚轴，严重时幼芽腐烂死亡。苗枯病发生与种子带菌相关，且小粒玉米种子相对较重，最严重地块甚至毁种。同时，春季低温多雨年份、沙质土壤、有机质含量低、土壤板结较重和重氮肥、少磷钾肥地块相对较重；播种过深、出苗期延长，也相对严重。
害虫以地下害虫为主，包括蛴螬、金针虫、地老虎、蝼蛄；地表害虫有旋心虫、叶甲、美洲斑潜蝇。玉米种子未采取种衣剂包衣的地块，地下害虫的为害造成缺苗。
根腐病及花白苗、红叶病及丝黑穗病也时有发生。
种衣剂包衣是防治玉米苗期病虫害的最佳办法，种衣剂中均含有两种或两种以上的杀菌杀虫剂，如呋福戊(克福戊)种衣剂，包衣种子播入土壤后．在种子周围的土壤环境中形成药环境，地下害虫趋向种子时，即触杀死亡。
福美双和戊唑醇等是防治种传及土传病害的有效药剂，玉米苗枯病和丝黑穗病都是在芽期侵染，尤其在玉米种子萌发到3叶期前为病原菌侵染高峰期，福美双和戊唑醇等药剂能抑制其侵染，减轻病害的发生或达到不发生的目的。针对前茬地下害虫较重的地块，来年春起垅时，亦可以随粪肥撒施毒土，浓度配比可以根据害虫发生的轻重自行调配。对于出土幼苗虫害发生较重的地块可以采取农药灌根处理。通过增施磷、钾肥亦可减轻苗病的发生。建议在砂壤土上使用种衣剂要用低限用量．在粘土上用高限用量，同时要针对气温及土壤墒情合理使用，使其达到理想的防治效果。
