盐碱地或地势低洼果园，地下水位高，排水不良，往往抑制果树根系的生长发育。对此，果园应设排水系统。它是防涝保树保障树体正常生长与结果的有力措施。夏季雨水多，常造成地面积水，致使土壤里通气不良。这样一方面抑制根的呼吸，同时另一方面又抑制土壤里的好气性菌的活动。在土壤缺氧的情况下，还容易积累各种有害盐类，引起根中毒死亡。地下水位高，根系分布浅，也易造成树体未老先衰的现象。
果园的排水系统，是由果园内的排水沟、支渠、干渠组成的。地势低洼或盐碱地果园，常采用深沟排水的方法，达到降低地下水位和洗盐降磷的作用。因此，雨季要保持园内不见“明水”，地下水保持在1.3米以下。对受涝果园果树，要及时排出积水，将根茎部分土壤扒开晾晒，进行抢救，然后要及时松土增进土壤的通透性，尽快恢复树体正常的生理活动。