由于大棚内湿度大，气温高，故发病广且发病重，因此控制好病害是大棚蔬菜成败的关键。大棚内蔬菜主发病害种类依栽培品种和管理条件不同而不同，主要病害有疫病、炭疽病、白粉病、软腐病、霜霉病等。随着蔬菜逐渐收茬，大棚内苗期蔬菜会逐渐增多，则灰霉病、炭疽病、立枯病将重大发生。大棚病害防治应从严掌握，特别在苗期、花期采取保守防治，预防为主的策略，每7～10天防治一次，发现病枝、病叶要及时采摘烧毁，如发病重、棚内湿度大，应改为烟剂防治。
疫病可用86.2%氧化亚铜水分散颗粒剂或20%噻菌铜悬浮剂；白粉病可用15%三唑酮可湿性粉剂；灰霉病可用50%腐霉利可湿性粉剂；炭疽病可用50%福·福锌可湿性粉剂或百菌清。
