1、在有效期内选用质量有保证的产品。微生物肥料种类繁多，可分成根瘤菌肥料、固氮菌肥料、磷细菌肥料、钾细菌肥料、复合微生物肥料等五类。在选用这些肥料时，一是要注意产品是否有严格的检测登记程序，是否有农业部颁发的生产许可证。二是最好选用当年生产的产品。产品中有效微生物数量是随保存时间、保存条件的变化逐步减少的。若数量过少，则会失效。特别是霉变或超过保存期的产品更不能选用。
2、妥善贮存。微生物肥料要避免阳光直晒，防止紫外线杀死肥料中的微生物。微生物肥料贮存的环境温度以15-28℃为最佳。
3、巧妙搭配有机肥等肥料。微生物肥料与有机肥混合沤制（严格控制高温），能起到增效作用。配合使用复合肥、叶面肥、CO2气肥，这样能更有效控制硝酸盐、亚硝酸盐含量。
4、配合使用农业技术措施。改善土壤环境条件对微生物的活动和繁殖有着重要的作用。因此，土壤要采取深耕翻措施，搞好中耕，作好排涝防旱工作。还要抓好秸秆还田，增施有机肥等措施，始终保持耕作层的碳源充足和疏松、湿润环境，从而发挥微生物肥增产增效的肥力作用。
