稻茬麦由于田间湿度大、墒情好，通常病害发生都较重，而且流行性病害向常发性病害发展。除蚜虫外，虫害偏轻。稻茬麦播期晚，冬前病虫害的发生较轻，主要表现为春发。总体来说，主要的病虫害：赤霉病、白粉病、锈病（叶锈）、纹枯病、病毒病（黄花叶病）和蚜虫，防治的难度大。
一、小麦赤霉病。小麦赤霉病多发生于穗期多雨、气候潮湿地区，近年来随着耕作栽培制度的改变如群体密度增加、感病品种的推广和秸秆还田面积增加等，小麦赤霉病的发生有北扩的趋势。一般减产10～20%，严重时达80～90%。
由于多无法轮作，田间群体密度难以下降，也就只能改进秸秆还田技术，减少土表的稻秸秆残留量，同时抗性品种选择非常重要，因为抗性品种可降低后期防治压力，所以建议对国家区试感病品种一票否决。化学防治还是要坚持预防为主、把握适期的原则，在扬花初期，见花就打，隔5天左右打第二次。用水量、防治器械对防效影响较大，推荐30升/亩药液，推荐弥雾机。药剂选择上，多菌灵或含多菌灵的杀菌剂仍是目前的当家品种，在农业部药检所登记最多的是多·酮复配剂，成本较低，还可以兼治白粉病；30%戊·福（25：5）（18-27克/亩），戊唑醇有效成分<5克。推荐用量10克/亩。氰烯菌酯成本较高，防效与用水量关系比较大。
小麦赤霉病
二、小麦白粉病。白粉病是小麦最常见病害，主要危害叶片，严重时也危害叶鞘、茎秆和穗部。典型症状为叶片表面产生绒毛状菌丝，表面覆有一层白色粉状霉层即分生孢子。小麦成熟时，病斑上出现黑色小点，即白粉病菌的有性世代闭囊壳。
选种种植抗病品种，扬麦、镇麦系列品种相对耐病，可因地制宜种植；合理施用氮肥，改善田间通风透光条件，降低田间湿度。化学防治重点是保护上部功能叶，孕穗至扬花期，当上半3张功能叶病叶率达5%左右或病株率达15%左右时，应进行防治。早春病株率达5%的田块可进行防治，以减轻后期的防治压力。防治药剂可以选择三唑酮（有效成分10-12克/亩），丙环唑（8-10克/亩）和氟环唑等三唑类杀菌剂。醚菌酯等对白粉病也有较好的防效。
小麦白粉病
三、小麦锈病。分叶锈和条锈，叶锈在西南和长江中下游麦区发生较重；条锈在西南和黄淮麦区发生较重。田间识别时，可以记住简单口号“条锈成行、叶锈乱、杆锈是个大红斑”；叶锈夏孢子堆桔黄，条锈鲜黄。
西南麦区选用抗条锈病的品种，长江上游麦区审定的品种大多抗病。对叶锈病的抗性品种目前还很少，目前大多数品种感叶锈病。对条锈病菌源地，可用三唑类药剂拌种、抗病品种等措施。冬繁区对重点发病田块采取“带药侦察，发现一点控制一片”，及时控制发病中心；提供麦田统防统治，以控制病害的区域扩散蔓延。大面积上加强监测，病叶率5%开始用药。叶锈病也是发病初期用药效果较好。
小麦锈病
四、小麦纹枯病。全国常年发生面积超过1亿亩，病害可造成茎蘖死亡，未死亡的病蘖也会因输导组织被破坏、养分和水分运输受阻而影响麦株正常生长发育，导致麦穗的穗粒数减少，籽粒灌浆不足，千粒重降低。严重的可造成枯白（孕）穗，造成倒伏。一般发生田块损失10%-20%，严重田块可超过30%。
以农业防治为基础（适期播种、控制播种量、控制前期施肥量、适当增施磷钾肥和降低田间湿度）；选用抗（耐）病品种（如宁麦9号、宁麦13等）；早播地区进行药剂种子处理和包衣，压低冬前发病高峰；早春进行药剂喷雾防治，控制病害的发展和减少损失。
小麦纹枯病
五、小麦黄花叶病。又称小麦梭条花叶病，估计每年全国发病面积2,000万亩，一般病田减产10％～50％，重者绝收。冬前不表现症状，到早春麦苗返青起身时出现症状。发病初期病株新叶表现褪绿至坏死的梭形条斑，与绿色组织相间，成花叶症状；后期病斑扩散增多，可导致整个病叶发黄、枯死，重发病株矮化、分蘖减少。发病较轻的田块，病株后期随着气温升高超过15℃，田间病害逐渐隐症；抽穗后，病田恢复生长较快，但仍比健株矮小，参差不齐，穗小，多畸形。
以推广抗耐病品种为主，结合合理水肥管理的农业综合防控措施。轮作换茬，与非寄主的大麦、油菜等轮作；适期迟播，避开介体侵染活动最适时期；合理施肥，发病初期早施速效氮肥、磷肥及生长调节剂，促进麦苗生长。
