棚内消毒要彻底蔬菜换茬时，一定要把棚内的枯枝残叶清理干净，并认真做好棚内消毒工作。可在蔬菜拔园后，每亩用硫黄粉1000克加锯末混合，拌匀后分放在棚内各点，将所用农具、架杆等也一并放入棚内，暗火点燃后密闭大棚熏蒸12小时。也可每亩用45%的百菌清烟剂400～600克熏蒸消毒灭菌，熏蒸时需密闭大棚2天，定植前2天打开通风口通风。棚内的土壤也要进行消毒，可用30%的苯噻氰1000倍液或95%的恶霉灵水剂450倍液喷洒地面。消毒后定植蔬菜，效果较好。
土壤应深翻不少菜农由于仓促换茬，没有对棚地进行全面翻耕，而只是对蔬菜种植畦进行了耕翻，这是不正确的。最好人工深翻一遍，或使用旋耕机对棚地全面翻耕。
基肥必须充分腐熟若施用了这些没充分腐熟的鸡粪，很容易造成氨等有害气体在棚内积聚，从而熏坏蔬菜。因此，蔬菜换茬后施基肥时，一定要注意察看鸡粪是否已充分腐熟，外观为黄褐色有臭味的为未充分腐熟的鸡粪，一定要避免施用。
