一、预湿不充分：稻草应浸泡充分，以利发酵。浸泡不充分的稻草翻堆时需大量补水，在二次翻堆之前不能补足水分的，以后很难补足，这样会影响菌丝的生长。
二、翻堆不匀：翻堆时应按"生料放中间，熟料放两边；中间的放两头，两头的放中间"的原则。但很多人翻堆时不遵循上述原则，以致培养料发酵不匀，达不到翻堆的目的。
三、采土不合要求：有些种植户覆土时采用未处理的菜园土，有的添加未充分腐熟的牛粪。而这样的土壤带有大量的病菌和虫卵，容易引发多种病害，给蘑菇种植户造成损失。
四、覆土时添加尿素：新的种植户容易习惯性地把蘑菇种植和其他作物种植等同起来，覆土时添加尿素，造成氨味过重导致菌丝死亡。
五、喷施"关门水"：在蘑菇种植前期高温时喷施"关门水"会造成高湿环境，引起冒菌丝、结菌被及小菇死亡等现象。后期喷施"关门水"，则容易使菌丝退化、早衰。
六、防病不及时：有些种植户由于缺乏基本的辨别和防治病虫害的知识，往往在病虫害发生较重时才着手防治，以致错过了最佳防治时期，减产严重。
