1、在出菇期间，使用农药要十分慎重，农药沾染在蘑菇上，会造成食品污染。现在世界各国对食品中的残留农药检验都非常严格，农药残留会影响产品的质量和市场竞争能力。
2、禁止直接将有剧毒的有机汞、有机磷等药剂用于拌料、堆料；残效期长，不易分解及有刺激性臭味的农药，也不能用于菇床。特别是床面有菇时，绝对禁止使用毒性强、残效期长或带有刺激性臭味的药剂。
3、防治食用菌病虫害，应选用高效、低毒、低残留的药剂，并根据防治对象选择药剂种类和使用浓度。如敌敌畏具熏杀和触杀作用，对菇蝇类的成虫、幼虫以及跳虫有特效，但对螨类杀伤力差；辛硫磷是一种新型高效、低毒、低残留的有机磷杀虫剂，除对菇蝇、跳虫有特效外，对螨类亦有良好的触杀作用，药效优于敌敌畏；若用辛硫磷加杀螨剂防治螨类，则效果优于其他农药。施药要选择合适浓度，辛硫磷加杀螨剂，从堆肥到出菇期前各用500倍液防螨，但籽实体发育阶段浓度应降到1000倍液。
4、使用农药时，要先熟悉农药性质。滥用农药，有时会在覆土层或培养料表面形成一层有毒物质，影响菌丝生长，造成减产。
5、尽可能使用植物性杀虫剂和微生态制剂，如除虫菊、鱼藤精、增产菌等制剂。
6、保护天敌，不可滥用农药。
