稻壳粪在使用前需要进行腐熟，由于稻壳粪中稻壳表面含有较厚的蜡质层，在土壤中分解十分缓慢，进行发酵腐熟可提高稻壳的分解速度。
稻壳一般含水量为12%左右，含碳36%，含氮0.48%，碳氮比高达75.6%，是难于发酵的有机物料之一，其发酵难度很高，一般使用有机物料腐熟剂结合生物闷棚进行发酵。但发酵过程中要求一定的温度和湿度，一般发酵需10至20天。
稻壳粪最好提前半个月堆积腐熟或施入棚中腐熟，堆积腐熟时可喷洒有机肥腐熟剂，同时洒水湿润，让稻壳吸足水分以便加快腐熟；堆不要太高，以防堆内热量散发不出来而导致闷堆；当发现稻壳粪颜色变黑变软、无臭味时即充分腐熟了。
施入棚中腐熟也可喷洒肥力高等腐熟剂，结合灌水闷棚促进腐熟。腐熟时要封严，采用薄膜覆盖或泥土封严，以防水分蒸发太快、堆温扩散及氮素损失，降低腐熟的质量。
腐熟需要的条件
稻壳腐熟较为困难，要保证充足的腐熟时间，夏秋高温季节20天以上，冬春温度较低时40天以上。腐熟过程中需要一定的温度和湿度，所以夏季使用腐熟速度快，这时棚室内温度高，可以浇大水，有利于稻壳快速腐熟。而冬季使用时棚室气温低、浇水少，稻壳在土壤中基本不腐熟，而到春季转暖后稻壳再腐熟放热，容易引起根系受伤。在堆温降低到45度以下，稻壳颜色变黑变软时腐熟基本结束稻壳在大棚蔬菜栽培中使用的越来越多，特别是在粪肥使用中非常普遍，之前菜农在腐熟粪肥时会加入草、麦秸等，能有效提高粪肥有机质，而随着稻壳的增多，菜农越来越多的在粪肥中加入稻壳，特别是在一些老棚，土壤透气性差、板结严重，使用稻壳粪后能有效提高土壤透气性，改良土壤结构。
