由于水产养殖环境的复杂性，如：池塘藻类种群和数量的不同，浮游动物、底栖生物的种类和数量的不同，水体和底泥中菌群结构的不同，气候条件的变化以及养殖品种、数量等的差异，都有可能造成水产养殖过程中使用微生态制剂调水出现这样或那样的问题，现就常见的相关问题概述如下：
1、在鱼鸭混养池中，使用“通威饲料伴侣”后检测氨氮指标没有明显变化。
原因：
（1）在鱼鸭混养的池塘中，我们测定水体中的氨氮实际上是鸭排入粪便、尿与芽孢净化N的差值，所以需要充分了解鱼鸭混养的模式，比如每亩池塘放多少只鸭、大致排入的N是多少等；如果量较大，可以增加“通威饲料伴侣”的使用量；
（2）在使用“通威饲料伴侣”调水后，氨氮并没呈现直线下降，在使用的前1-2天有可能出现反弹，这主要是芽孢杆菌能分泌产生的大量酶（如蛋白酶、淀粉酶、脂肪酶等）将大分子有机物分解成小分子氨肽所致，但使用芽孢杆菌后水体的BOD和COD是呈现明显下降趋势的。
解决方法：
（1）使用“通威饲料伴侣”后，可配合底改（如沸石粉等），将部分芽孢杆菌沉降到池底层，对水体的改善作用更加明显；
（2）因“通威饲料伴侣”中的芽孢杆菌仅对大分子有机物降低作用明显，而对小分子作用相对有限，因此，可以考虑与“通威光合细菌”配套起来使用。但是与硝化菌和亚硝化菌同时使用效果不佳，主要是芽孢杆菌的生长速度远远快于硝化细菌和亚硝化菌；如果要使用，应时间错开。
2、在北方的鲤鱼池，养殖早期使用“通威饲料伴侣”后，出现轮虫大量繁殖，导致鲤鱼不吃饲料。
原因：“通威饲料伴侣”投放后，其中的芽孢杆菌分解矿化了有机质，会造成浮游微藻的大量繁殖，进而导致轮虫大量繁殖，鱼类摄食大量的活体饵料生物可能会影响鱼类摄食饲料，同时也可能因浮游动物数量过多造成水体溶氧过低，间接影响鱼类摄食。
解决方法：早期可配合使用藻类营养元或肥水素培肥水质，促进水体的藻相平衡，改善好水质，从而促进鱼类健康生长。
3、水质发红，使用“通威光合细菌”后鱼吃食不好。
原因：在甲藻水华发生的过程中使用了“通威光合细菌”，会导致甲藻死亡、毒素增加、水体溶解氧降低，从而导致鱼吃食不好。
解决方法：
（1）下午4：00，使用“通威净水宝”（350g/亩*米）或“通威调水宝”（250g/亩*米）或“硫代硫酸钠”（1kg/亩*米）进行解毒，降低甲藻毒素的毒性；
（2）第二天早上，用磷肥，5-7kg/亩*米，化水均匀泼洒；
（3）第四天，使用“通威饲料伴侣”（0.15-0.25kg/亩*米）活化后全池泼洒。
4、使用微生态制剂调水后蓝绿藻数量更多。
原因：在发生转水的过程中，蓝绿藻逐渐形成了优势种群，这时使用“通威光合细菌”正好抑制其它藻类生长，而蓝绿藻生长未受阻，造成蓝绿藻数量更加多。
解决方法：
（1）先用通威毒消净（200g/亩*米）或强氯精（0.5-1kg/亩*米）等药物杀死蓝绿藻；或者先使用明矾(1.5-2.5kg/亩*米)净化水质，放出表层水；
（2）两天后，追肥，及时补充磷肥，用量为5-7kg/亩*米；
（3）水质转好后常规用法补充“通威饲料伴侣”和“通威光合菌”。
5、使用“通威光合菌”后出现倒藻。
原因：通威光合菌本身就是和藻类形成竞争，在藻类衰退期时，过量使用就会使很大一部分藻类死亡，水质变清；或者在使用之后天气突变，就容易造成藻类的大量死亡，水质变清或者变黑。
解决方法：
（1）出现鱼浮头时开增氧机，全池泼洒“通威高氧”；
（2）天气转好就可以使用“通威饲料伴侣”，重新培养新的藻类。可适量施放些氮磷肥。
6、使用微生态制剂调水后鱼虾死亡增加。
原因：在鱼虾已经出现了疾病的端倪时使用调水产品增加了鱼类应激反应，皮质醇激素分泌增加，减少了鱼体免疫细胞数量，所以造成了死亡量增加。
解决方法：
（1）按照常规方法治疗疾病；
（2）常规疗程结束后投喂“芪参免疫散”（200g/40kg饲料）和“通威多维”(50g/40kg饲料)；
（3）再用“通威饲料伴侣”和“通威光合菌”调水。
7、使用“通威光合菌”后水色看不出变化。
原因：
（1）使用“通威饲料伴侣”之后水色已经非常好了，再使用“通威光合菌”只是稳定水质的作用，所以表面上看不出来明显变化；可以辅助水质分析盒进行检测，从理化指标上看水质是否变化；
(2)若在使用过外用杀虫或者杀菌剂后不久使用微生态制剂产品，会影响使用效果；
(3)使用之后遇到下雨或者天气变化影响使用效果；
(4)在过浓的水质中使用剂量过少使用效果不明显。
解决方法：
（1）正确地使用“通威光合菌”，尽量避免阴雨天使用，避免与杀虫和杀菌的药物合用；
（2）剂量需灵活掌握，过浓的水质应加大使用剂量。
