水产动物不会说话，又群栖在水中，这给疾病的诊断带来一定的困难；但水产动物多数个体较小，个体的经济价值比较低，这又给诊断带来了方便，可以直接进行解剖诊断。根据疾病的种类不同，可以选用下列有关方法进行诊断。
(一)宏观观察诊断
这是诊断各种疾病都需要做的第一步。当然并不是每一种疾病对下述各点都要进行全面详细的了解，而应根据情况，选择重点进行调查。调查内容主要包括以下几个方面。
1.调查饲养管理情况调查的项目包括清塘的药品和方法，养殖的种类、来源，放养的密度，放养前是否经过消毒以及消毒的药品种类和消毒方法，饲料的种类、质量、数量和投喂的方法，肥料的种类、来源、数量和预处理的方法，水环境的管理方法等。如果在放养前池塘未清除池底过多淤泥及进行消毒，那就不能排除早一年在饲养过程中所发生的疾病再发；如投喂的饲料已经变质，则可能导致消化系统疾病或食物中毒；如果苗种来自外地，又未进行预先抽样检查及进行消毒处理，就可能将外地流行的疾病带入本地等。
2.调查有关的环境因子包括了解水源中有没有污染源，池塘的底质和水质情况，周围农田施肥、施药情况，池塘中是否有作为某种水产动物寄生虫病的中间宿主，周围是否有作为某种水产动物寄生虫病的终宿主等。如附近化工厂排污超标，就可能引起水产动物中毒死亡；如养殖场附近有很多鸥鸟栖息，池塘内又有椎实螺，养殖鱼类患双穴吸虫病的可能性就较大，否则就不必去怀疑鱼苗大批死亡是由于双穴吸虫急性感染引起。
3.调查发病情况和曾经采取过的防治措施包括在什么时候发病，哪些水产动物发病，患病机体在行动上有些什么异常表现，每天死亡的种类和数量，曾采取什么药物进行治疗和治疗的方法等。如果在一个池塘内，养殖的水产动物的摄食、生长、行动都正常，天气也不闷热，而一夜之间发生大量死亡或全部死亡，这就应考虑是否有某种有毒物质进入池塘而引起水产动物中毒死亡。如果在半夜发现鱼浮头，到次日清晨出现大批死鱼，则是因为水中含氧不足，引起泛池所造成的。
(二)微观观察诊断
诊断的第二步是对病体进行检查，最好选择症状明显，但尚未死亡或刚死不久的个体。因死亡时间长的病体已变质腐烂，尤其是在热天腐烂得快，此时病原体也已死亡或脱离机体，且症状也已不明显；病情较轻的个体则因病原体的数量较少，症状不很明显、典型，往往难以作出正确的诊断，尤其是刚从事鱼病防治的工作者。同时应该尽量多检查几条病体，包括不同种类、不同年龄的病体都要多检查几条，才能作出正确诊断。
病体的检查都是由表及里，由肉眼观察到显微镜检查。第一步首先是进行肉眼观察，检查病体表面有无损伤，体色有无变化，有无大型寄生虫或真菌等寄生，体形是否正常，各器官组织是否有充血、出血、贫血、发炎、溃烂、肿胀、变色和黏液分泌增多等异状；然后再从病变部位取出部分组织、黏液或内含物制成压片，进一步作显微镜检查。如病体没有明显症状，则应将皮肤、鳃、肠取样压片检查，若仍查不出病因，则应进一步镜检其他组织器官。如怀疑是由细菌、病毒引起的疾病，需要进行确诊时，则必须进行细菌、病毒分离、培养、鉴定或免疫血清学诊断。
(三)细菌、病毒分离、培养、鉴定诊断
这种方法比较费时，且需要一定的条件、设备和技术，在生产上较少应用，主要用于疾病的研究工作，这儿就不再详述。
(四)免疫血清学诊断
免疫血清学技术建立在抗原抗体特异性反应的基础上，一般在体外进行，根据产生可见或可检出的结果作为判断。这方面的方法很多，有直接凝集试验、间接凝集试验、乳胶凝集试验、协同凝集试验、环状沉淀试验、琼脂免疫扩散试验、免疫电泳、直接荧光抗体技术、间接荧光抗体技术、葡萄球菌A蛋白协同凝集试验、酶联免疫吸附法、斑点酶联免疫吸附法等。近年来，运用免疫血清学技术来诊断水产动物疾病越来越多。其不仅灵敏度高、特异性强，可作为疾病早期的诊断；而且有的已研制成试剂盒，更快速方便，有的不需要特殊仪器设备，适合基层使用。
(五)分子生物学诊断
随着分子生物学的发展，采用分子生物学方法进行疾病诊断，近年来也开始应用于水产动物疾病的诊断，有特异性强、方法简便、检测速度快、灵敏度高，可作为疾病早期的诊断等优点。如脱氧核糖核酸探针技术诊断斑点叉尾鮰疱疹病毒病，寡核苷酸脱氧核糖核酸探针检测传染性胰腺坏死病等。
(六)组织病理诊断
将病变组织切成小块，进行冰冻切片、石蜡切片或超薄切片，染色后进行观察诊断。如肿瘤就必须用此法进行诊断，病毒病也可采用此法，还有一些组织病变特殊的疾病也可用此法进行诊断或辅助诊断。
(七)病理生理诊断
根据疾病的需要，进行血清、腹水等有关的检测。如有机磷中毒，需检测脑胆碱酯酶的活力。
(八)其他
如怀疑是中毒或营养不良引起的疾病，则必须检测水或饲料等。
