河蟹一生中的大部分时间是在底泥中度过的，蟹池底质差，不仅对成蟹的色泽等外观品质有直接影响，而且不利于蟹病防治。蟹池中淤泥过多，有机质氧化分解，会消耗大量的氧，造成池水缺氧，水质恶化，尤其是在夏秋河蟹生长高峰期，很容易造成蟹缺氧死亡。有机物分解还产生氨、硫化氢、甲烷、有机酸等可能引起河蟹中毒的物质，不利于河蟹生长。对蟹池底质进行调节与改良，是养蟹管理的重要内容，应常抓不懈。首先应做好清淤、晒塘工作。利用冬春蟹种放养前的空闲时间，抽干池水，最好将淤泥取出池外，池底经冰冻、日晒不少于1个月。在蟹种放养前每亩用优质生石灰100-150公斤，化开后对池底全面泼洒，隔日用竹耙翻动，将石灰与底泥混和，杀灭敌害和微生物，固淤。在蟹池中种植根系着生于底泥中的挺水植物（茭白、芦苇等）和沉水植物（伊乐藻、苦草、轮叶黑藻等），对改良底质也有很大作用。有条件的可以于冬春在蟹池中种一茬黑麦草，或者养蟹与种植轮流进行。还可以在养殖期间施用光合细菌（PSB）、复合微生态细菌（EM）等生物改良剂，改善底质。
