人们由于缺乏水生态系统保护意识、片面强调养殖产量的增加和养殖规模的扩大,一些养殖水体出现富营养化,导致蓝藻爆、赤潮（红潮、黑潮、黄潮）爆发，养殖效益下降、生态系统退化。
养殖水体富营养化的成因
1、投饲量加大，随着养殖时间的推进，养殖动物的增长，饲料的投入量就随之加大，残饵的堆积，营养物质的大量涌现。外源投入品副产物加大了水体的承载量，水体自净能力下降。
2、微生物降解能力减弱，大量的粪便、残饵的堆积，微生物转化的能力处于一个超负荷，这就出现了有机质的沉积速度远远大于微生物的降解能力，粪便、残饵越积越多，富营养化形成。
3、有益藻减少，水中原生动物增加，随着养殖时间推进，水体的营养物质失衡，比如氮磷比例失调，有益藻类营养源的不均衡，导致了藻类繁殖速度减慢，有益藻类的量减少，藻类获取水里的营养物质的量也就随之减少，被分解营养物质无法全部被藻类利用，累积过多后就出现了反馈抑制作用，造成物质循环受阻。
4、频繁的消毒，在养殖过程中频繁的杀虫消毒又不及时补充有益菌群，造成水体缺乏有益微生物。从而有益微生物的降解能力大大削弱甚至归零，使水体富营养化由于人为的干预出现加速！
水体富营养化对养殖的危害
1、有害藻类爆发。由于水体的粪便残饵的堆积，微生物降解转化能力减弱，很多的物质就以大分子有机物形态存在，小型的藻类无法吸收利用，但是如裸藻、甲藻、蓝藻等有害藻类却能吸收利用，这种环境为有害、不良藻类提供了快速繁殖的条件，大量的裸甲藻及蓝藻爆发，导致水体pH值居高不下溶氧昼夜变化大。一旦遇到恶略天气倒藻直接导致水体缺氧养殖动物浮头甚至翻塘，同时藻毒素大量产生。
2、水体化学耗氧量（COD）过大，由于水体有机物的大量堆积，就会出现有机物氧化分解大量消耗水体溶氧，COD在整个氧消耗比例高达50％以上，是所有水体耗氧因子中的耗氧绝对大户。
3、溶氧低下，水中有机质多不但COD耗氧多，还会导致水体发粘致使水体纳氧力降低，导致了水体溶氧严重不足，不要说变天，就是晴朗天气，都会出现缺氧。
4、有害寄生虫（以有机碎屑为食的微生物）及有害细菌（厌氧菌）大量繁殖，病虫害的爆发。大多数有害微生物都是厌氧菌如果水体长期溶氧不足，厌氧菌会快速大量繁殖。
5、有毒物质大量沉积，出现氨氮、亚盐、硫化氢等等有毒有害物质大量沉积（聚毒层），由于水体的氮源堆积过多，同时微生物转化能力不够，就出现了有机质堆积厌氧分解产毒。水体溶氧不足，水体的氨化、硝化、反硝化循环受阻，养殖对象出现了亚硝酸盐中毒，其中毒机理是破坏血红蛋白载氧能力，出现组织缺氧。水体富营养化致使水体氧缺乏，有益浮游生物匮乏，有毒有害物质增加，此时水体稳定性极差，如遇阴雨天气，水体温度、盐度、酸碱度等发生快速改变，水体就会发生巨变—倒藻、泛底（底部有害有毒物质融入水中），造成养殖生物的应激反应加剧，疾病爆发。
判断水体富营养的指标
水体中氮含量超过0.2—0.3mg/L、COD大于10mg/L。磷含量大于0.01—0.02mg/L，PH7—9，水中细菌总数超过10万个/L，表征藻类数量的叶绿素a含量大于10mg/L.。
水体富营养化的监测
水体富营养化监测有实验室检测和现场检测两种。现场检测是利用较为简单的仪器在现场直接测定或通过目测的方法对水体富营养化程度作大致判断。常用的检测方法有以下三种：
1、透明度测定法：用直径30cm的白色瓷盘（也可将铁板或其它材料涂成白色代替）放入水中目测看不到时的深度作为透明度。因此测定时间宜确定在每天9时至16时之间。透明度能够大致反映出水体的富营养化程度，透明度越小水体富营养化程度越高。有时虽然水体的富营养化程度较高但测得的透明度仍较大，原因是：大型丝状菌类及水生植物大量繁殖、浮游藻类暴发性死亡、雨天浮游藻类下沉、水体受到重金属污染不利藻类生长等。
2、镜检：利用普通的光学显微镜对水体中常见的单胞藻数量、水体污染的指示性原生动物数量及其变动状况进行检测，判断水体富营养化程度及变化。如鞭毛藻类数量达到50万个/mL以上时，扁藻、祼藻等数量达到10万个/mL以上时，大致可判断水体处于较高的富营养化状态。又如营腐生性生活的鞭毛虫等大量出现时，水体即进入高营养物质污染状态。
3、目测：通过肉眼观察水色判断水质好坏与富营养化程度。典型的不良水质有如下几种：（1）绿色水体：水中氮含量大。（2）黑褐色或酱油色水：剩饵、残饵多，底质恶化，水体中以鞭毛藻、裸藻、褐藻等为主，养殖动物易发病。（3）黄色水：池中积存大量的有机物经细菌分解，池水pH下降时易产生此色，动物生长不利。（4）白浊色水：主要含纤毛虫、轮虫、桡足类浮游动物及粘土微粒或有机碎屑，对虾易得病。（5）澄清色水：为贫营养水或受重金属污染的水，不利于养殖。
水体富营养化的防治方法
氮、磷是水体富营养化的主要原因，控制了氮、磷也就是基本上控制了水体的富营养化。
1、氮的控制，在养殖前期，水体中氮含量一般都较低，水体处于贫营养状态，为保持水色和一定的透明度，维持菌相和藻相平衡，有时候需要加入一定量的氮（施肥）。但是到了养殖中后期，水体中氮水平急剧升高，水体进入富营养化状态，为消除多余的氮，有效的办法是向水体定期投放芽孢杆菌类产品，加强水体的氨化、硝化、反硝化能力。
2、磷的控制，磷在水体中以可溶性磷和不溶性磷二种形态存在。只有可溶性磷才能被藻类吸收，将水体中可溶性磷转化生成不溶性（或微溶性）磷，是防治水体富营养化的有效办法。在养殖中后期定期向水体投放生石灰，能使可溶性磷生成不溶性的磷酸盐[Ca5(OH)(PO4)3]。投放生石灰一般每15天～30天一次，每天每亩10kg～20kg不等。
3、微生物制剂抑制技术。在养殖池中经常施放有益微生态制剂，能及时降解进入水体中的有机物，如动物尸体、残饵等，减少有机耗氧，稳定pH值。单细胞藻繁殖旺盛的水体，不但溶氧高，而且单细胞藻可以稳定水体的物理要素及化学要素，清除氨氮等有害的物质，减轻环境中让养殖动物产生应激的因素。有条件的可以设置微管增氧等，提高溶氧量，促进微生物的生长与繁殖。
芽孢杆菌能分泌蛋白酶等多种酶类和抗生素,使池底积累的大量残余饵料、排泄废物、动植物残体以及有害气体(氨、硫化氢等),使之先分解为小分子(多肽、高级脂肪酸等),后分解为更小分子的有机物(氨基酸、低级脂肪酸、单糖、环烃等),最终分解为二氧化碳、硝酸盐和硫酸盐等,有效降低了水中的COD、BOD,使水体中的氨基氮(NH3-N)、亚硝基氮(NO2-N)和硫化物浓度降低,从而有效地改善水质,同时还能为以单细胞藻类为主的浮游植物提供营养物质,促进繁殖。这些浮游植物的光合作用,又为池内底栖水产动物的呼吸、有机物的分解提供氧气,从而使养殖水体形成一个良性的氧化、氨化、硝化、反硝化的正常循环，保持良好的水质。另外,它们分泌的多种酶类和抗生素可以抑制其他细菌的生长,进而减少甚至消灭水产养殖动物的病原体。
