1、早春放虾水温偏低，光照强度弱
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早虾肥水培藻比较困难，三四月份水温较低，当水温低于15℃时，藻类生长会受到抑制，多数虾塘在收完虾后就空塘，要等半年再开始放苗养殖，长时间空塘，塘底的有机质基本被氧化。由于塘底水温低，肥料养分很快沉入塘底，加上塘底有机质的缺乏，养分有的渗漏流失，有的被底泥包裹难以释放，水表层藻类对营养和能量的吸收比较困难，所以造成肥水非常难。
2、塘底有底栖青苔、泥皮、丝状藻等抢夺了藻类所需营养
可先采取肥水来控制，将水体透明度肥至30-40cm左右，青苔死亡，待水色稳定后，分解死亡的青苔尸体，避免腐败底质。并使之转化成藻类的营养，促进藻类的生长。使用后如遇泥皮大量泛起飘浮水面，可在下风处捞起，泥皮不经生物分解，就会在塘底腐烂发臭，腐烂时会消耗大量的底层溶氧，发臭还会滋生大量的致病菌。也可以用消毒药（如漂白粉）杀青苔，但会刺激虾苗，容易引起应激，残毒导致肥水困难，水色久调不起，而且青苔再生的可能性大，因此谨慎使用。
3、水体中捕食藻类的浮游动物过多，藻类被大量摄食，难以生长
如果发现大量轮虫、枝角类、桡足类，特别是在已经放了虾苗的情况下，若虫体较小，可考虑少喂饵料或停喂，让虾苗摄食部分浮游动物，此时要注意加强增氧。当观察到浮游动物密度减少时，补充含藻种的水源，再肥水。
4、清塘后消毒药的残留过大
采用针对性的解毒产品，彻底的清除毒性，开启增氧机，连续搅动几天后引进一部分含藻水源，然后肥水培藻，这样会自然天成将水肥起来。
5、新塘有机质、营养物质等缺乏
水体营养不足导致藻类生长困难，这时候建议少量多次的使用点有机肥，为池底添加营养物质的同时也能影响底质的营养存储。连续几次后先引进含藻种的水源，再肥水。
6、塘底老化，矿物质和微量元素缺乏
因多年养殖大量的排换水，造成有机质、矿物质和微量元素的流失缺乏，塘底严重老化贫瘠；而早年消毒药、化学肥料频繁使用，会沉积在塘泥中形成严重残留，对有益藻类是毁灭性的，造成肥水培藻困难。
总之肥水培藻环节关系到虾苗的成活率与健康状态，而虾苗的成活率与产量的关系重大，苗期的健康与否又直接关系到养殖成功率，所以务必认真做好每一个细节，千万不可“偷工减料”，影响养殖大计。肥水培藻应遵循少量多次的原则，依据水色浓淡酌情追加，避免一次性施肥量过大导致藻类暴长，甚至大量死亡而使水色大起大落。
