重金属对水产动物的毒性一般以汞最大，银、铜、镉、铅、锌次之，锡、铝、镍、铁、钡、锰等毒性依次降低。汞能在鱼体内蓄积，浓缩倍数可达千倍以上；如鱼在含汞0.0024毫克/升的水中23天后，肌肉内含汞达3.38毫克/升；鱼体内汞的蓄积随鱼的年龄和体重的增加而增加。汞对生物的影响，不仅取决于浓度，且与汞的化学状态及生物本身特性有关；无机汞(氯化汞)在鱼体表的微生物作用下，能转化成毒性更强的烷基汞；在缺氧的条件下，这一转化更迅速。醋酸苯汞对白鲢鱼种96小时半致死浓度为0.05毫克/升；氯化乙基汞对白鲢鱼种96小时半致死浓度为0.04毫克/升，红鲤为0.05毫克/升；白鲢鱼种在含氯化汞0.5毫克/升的水中，96小时死亡80％；处于原肠期的草鱼受精卵在0.112毫克/升的氯化汞水溶液中，96小时内死亡30％；在0.03毫克/升中，96小时内死亡9％。草鱼鱼种在0.1毫克/升醋酸苯汞或氯化乙基汞的水溶液中，可引起眼部出血、眼球严重破坏，引起失明或残缺。氯化亚甲基汞中毒的斑点叉尾鮰，肾及部分肝发生坏死，血清琥珀酸脱氢酶含量明显变化，酸性磷酸酶增加。底鳉鱼胚胎早期发育阶段接触低浓度汞，极易导致视觉系统的畸变及其他器官的严重缺陷；胚胎于发育后期处理，影响较小。草鱼卵在低浓度氯化乙基汞、醋酸苯汞及二氯化汞处理下，发现有神经系统破坏，两个眼泡紧靠及体躯弯曲等畸形现象。白鲢鱼种在0.5毫克/升汞液中24小时死亡20％，5.0毫克/升时2小时55分钟全部死亡，10毫克/升时55分钟鱼全部死亡。同时汞不降解。因此农业部于2002年3月5号发布农牧发[2002]1号文件，关于发布《食品动物禁用的兽药及其它化合物清单》的通知中，明确规定各种汞制剂，包括氯化亚汞(甘汞)、硝酸亚汞、醋酸亚汞、吡啶基醋酸汞.禁止在一切动物中作为杀虫剂使用。
重金属离子铅、锌、银、镍、镉等均可与鳃的分泌物结合起来，填塞鳃丝间隙，使呼吸困难。锰、铜可引起鱼类红细胞和白细胞减少；雅罗鱼在5毫克/升硫酸铜中22小时死亡，赤眼鳟36小时死。铜离子浓度达13.2微克/升时，东方对虾的受精卵基本不能孵化；8.0微克/升时，无节幼体不活跃，变态时间长；32.2微克/升时，无节幼体无一变态，2天后大部分死亡。0.16毫克/升硫酸铜或硝酸银可引起草鱼、鲢胚胎发育延迟。硫酸镉对鲢鱼种96小时半致死浓度为2.77毫克/升，红鲤为2.27毫克/升；虹鳟42天的半致死浓度为0.006毫克/升；水中含镉2.77毫克/升时，草鱼卵孵化率为40％，l毫克/升时孵化率为50％；鲤鱼苗在0.1毫克/升镉中饲养14天，成活率为19.5％在硬水条件下(硬度103-110毫克/升碳酸钙)，三棘刺鱼长期饲养于0.001毫克/升镉水中，可引起游动不正常、翻滚、肌肉痉挛、呼吸每分钟200次以上，有的畸形；鲤、鳟、虹鳟及丁鱥鱼受镉中毒，鳃及表皮细胞发生坏死，肠壁黏膜及肾小管受损，血液组成改变，胆碱酯酶活性下降，影响神经肌节，最终畸变；0.76毫克/升镉水中，桃红对虾经9天以上鳃变黑。镉、铬对鱼有诱发突变效应，鱼体中镉积累到2.8-6.2毫克/千克时能使鱼的脊椎变形。
银对鲢、罗非鱼、鲤鱼鱼种、鲫成鱼、中华绒螯蟹幼体、克氏螯虾成体，48小时半致死浓度分别为9.0、29.4、18.0、1800(96小时)、6.3、0.50(4小时)微克/升。底层鱼银富集最大的为内脏，上层鱼为鳃，肌肉中最少。急性中毒为鳃产生大量黏液，发生沉淀、凝固，堵塞鳃组织，妨碍气体交换，窒息而死。
被锌毒死的虹鳟鳃上没有黏液凝结，8-12克重的虹鳟在40毫克/升硫酸锌水中，呈典型的急性炎症反应，出现大量颗粒白细胞，最后鳃小片的血液循环积滞，呼吸崩溃而死；在含锌离子24.3微克/升时，东方对虾的孵化率下降，无节幼体发育不正常，游动力差，趋光性弱，多分布于水体中下层，多数无节幼体的体表及附肢上沾满污物，当无节幼体发育到5、6期后，绝大多数不变态而死亡。
一般在土壤中重金属盐类的含量不多，新开鱼池养鱼没有不良影响；但有些地方重金属盐类的含量较高，新挖鱼池饲养鱼种常患弯体病，病鱼游动不自如、成长缓慢、鱼体瘦弱，严重时可引起死亡。一般1足龄以上的鱼不易患弯体病，所以新开鱼池第一年养l足龄以上的鱼，于第二年清塘、换水后再养鱼苗、鱼种，就不会再患弯体病了。用铅桶养鱼苗，也可引起患弯体病。罗非鱼肌肉肿瘤内含铅14.1836毫克/千克、镉6.6791毫克/千克，比正常鱼的肌肉内含铅量高二倍多。
重金属对水产动物的毒害有内毒和外毒二方面。内毒为重金属通过鳃及体表进入体内，与体内主要酶类的必要基——氢硫基中的硫结合成难溶的硫醇盐类，抑制了酶的活性，妨碍机体的代谢作用，引起死亡；同时硫醇盐本身有一定毒性；在鳃部存在的呼吸酶类，如琥珀酸脱氢酶可能也直接与致毒有关。此外，外毒为与鳃、体表的黏液结合成蛋白质的复合物，覆盖整个鳃和体表，并充塞鳃瓣间隙里，使鳃丝的正常活动发生困难，鱼窒息而死。
