目前，水产养殖技术发展很快，对养殖模式也提出了许多新模式，如无公害养殖、科学养殖、生态养殖等等。但当前，可能多数人对于水产养殖的理解还是围绕在对养殖生物的管理上，对养殖生物投喂更优异配方的饲料使用更新的药物，即便是近年流行的微生物制剂，也仅仅只把文章做到水体上。虽然我们做了这么多的努力，但病害仍然层出不穷，这是为什么？我们认为需要换位思考，我们需要从养殖水生态系统的角度去认识水产养殖。因为水产养殖面对的是生存在池塘里的一个群体、一个水生态系统。而且池塘的水体不仅仅就是水，水体当中也不仅有我们所养殖的养殖生物，还有许多我们不能直接看到的有机可溶物、微生物、水生生物及底泥等。当然养殖生物也不是孤立的生活在水中，这些养殖生物只是水生态系统中的小部分。因此我们所有技术措施的作用对象应该是整个养殖池塘，是一个小型的水生态系统，而不是目前我们所关注的养殖生物群体。
所有的人为措施的受体不仅仅是养殖生物，它作用对象应该是一个水生态系统。水生态系统在接受外来物质的同时还要进行自身调整，不能完全按照人的意志所转移。这就是为什么在水产养殖中人们所使用的一些养殖措施并不能达到预期效果的原因所在。
因此，如何精心维护池塘水生态系统，使之能更好地发挥自身的功能，已成为成功养殖的关键所在。因此我们还应知道水生态系统的结构与功能是什么？水生态系统的基本功能就是保持生态系统内的物质循环和能量流动。自然的水生态系统与水产养殖的水生态系统有何区别？水生态系统的结构由两大部分组成：非生物系统和生物系统⒈非生物系统有：碳、氮、氢、氧、磷、二氧化碳、亚硝酸盐、水等涉及物质循环的无机物及无机化合物；蛋白质、碳水化合物、脂类、腐殖质等联系生物和非生物的有机化合物；温度、光照、盐度、pH值等理化因子。
⒉生物系统有：生产者包括单细胞藻类、水生植物、光合细菌等。消费者是指以其它生物或有机碎屑、腐殖质等有机颗粒为食的异养型动物，有桡足类、枝角类以及鱼虾贝蟹等等。分解者包括细菌和真菌等异养型生物，它们能把有机物重新分解成为被单细胞藻类、水生植物等生产者所利用的营养元素。
水产养殖的生态系统虽然也是一个水生态系统，可是它主要的生产目的是为人类提供尽可能多的养殖生物（生物蛋白质），所以在人类活动的干预下，水产养殖生态系统原有的结构与功能已经遭到一定的破坏。具体体现在：
1、水产养殖生态系统的物质循环是一个开放的循环且存在障碍，而自然的水生态系统是相对封闭的循环。水产养殖水生态系统是一个半人工或全人工干预的小型开放的水生态系统，参与水产养殖生态系统的物质循环的物质除了水体自身含有及周围环境溶入的物质以外，有很大一部分是来自养殖过程中大量人为投加的饲料和水产用品。为了获取尽可能多的养殖生物，人们常常往系统内大量投加饲料，但碍于现有水产生物营养学研究、制造工艺和人工投喂技术的限制，部分饲料直接溶解在水中，即便是被养殖生物摄食的部分也不完全能吸收利用，而是以代谢废物的形式排放于系统中。随着生物的生长，通过饲料进入系统中的末被消化的物质会越来越多，逐渐超过了系统的承载能力，但由于多数养殖水体的生产者与分解者的数量和种类不够丰富，无法快速转化与利用养殖废物，致使水生态系统中物质循环率大大地降低，此时需要使用水产用品来辅助加快池塘的物质循环，否则就会导致大量的外源物质滞留在系统中，不能参与系统的物质循环和能量流动，直接影响了水体的理化状态，使得养殖生物不能在系统中很好地生长、生存。如养殖水体中的氨氮、亚硝酸盐的含量普遍较高，就是因为来自饲料中的含氮有机物大量进入水生态系统中，但由于水生态系统缺乏足够的生产者与分解者，无法转化利用，致使氮元素以NH4＋—NH3或NO2－的状态存在于水体之中，直接影响养殖生物的生存。由于随着养殖周期的延长，进入系统的物质的量是越来越多和天气变化影响，生态系统的生物组成也存在相互的剧烈变化，即使是进行相同的人为活动，系统的应答也是不同的。
2、水产养殖水生态系统的生物系统的组成较为简单，这种生物组成的简单性主要体现在营养级数少以及食物链的缺环。
①水产养殖的生态系统的生产者仅由单细胞藻类组成，并且在实际养殖生产过程中，由于养殖者仅关心养殖生物的健康程度，对生产者的生长生存环境及营养需求了解不多，系统中没有及时补充生产者生长所必需的营养元素，加上天气变化，因此造成大多数的养殖水生态系统中的生产者的数量不足且不稳定。
②水产养殖水生态系统的消费者主要由养殖动物组成，结构简单，并且在系统中占绝对优势。消费者食物来源主要是人工投喂的外源物质而不是完全通过生物链获得，所以与系统中的其它消费者之间也没有捕食与被捕食关系或仅有一些低级简单的关系，不像自然的水生态系统中消费者是完全通过捕食生产者获得，并且它们在营养级别上是相近的。因此各不同的消费者之间也不存在明显的捕食与被捕食关系，也不存在初级消费者、次级消费者及三级消费者等。由此可见，水产养殖的生态系统中的食物链并不完全，物质在系统中得不到充分循环，而自然界中消费者依赖于生态系统的食物链的供给。
③水产养殖的生态系统的分解者虽然也是由细菌、真菌等异养型微生物组成，但水产养殖生态系统与自然的水生态系统相比，水质更加恶劣造成生产者不能充分利用分解者降解转化的产物，这些代谢产物反过来抑制分解者的生存生长，限制分解者的种群结构和数量，致使分解者的数量不足且结构不稳定，此外养殖者为了达到防病治病的目的，不时使用化学消毒剂来杀灭病原微生物，但这种方式不仅可以杀灭病原微生物，同时还杀灭对水系统有贡献的分解者，使得原本就数量不足的分解者变得更加贫乏。所以大多数的养殖水生态系统中的分解者是不足且结构不稳定。
生产者与分解者的不足又不稳定直接导致水体的自净能力大大降低，大量不能降解的有机物滞留在系统中，造成系统的理化状态不稳定如有害物质含量偏高、ph偏低及溶解氧含量偏低，有机物含量过高等，致使养殖生物产生应激反应，甚至会发生有害物质含量超标如亚硝酸盐超标直接伤害养殖生物的生命健康。由此看来，目前的水产养殖生态系统是一个被人为改造后的生态失衡的系统。
综上所述我们认为水产养殖工作就是精心维护一个小型的水生态系统的过程，使之最大化的生产出我们所需要的可用蛋白质，所有的养殖技术措施的对象应该是围绕整个养殖池塘小环境，而不是目前我们所关注的养殖生物群体。据此我们认为水产养殖就是根据养殖生物与养殖生态、营养与疾病之间的相互关系，科学选择与投喂饵料，以及合理使用池塘的配套设施、水产用品来调控池塘水生态中的生产者和分解者数量与活力，提高池塘水生态的同化异化能力，并让它处于最佳状态，达到养殖生物（鱼虾蟹等）、生产者（单细胞藻类）、分解者（有益微生物、病原生物等）和谐共存于水生态系统中，并且养殖生物能健康、快速地生长之目的。池塘水产养殖的核心技术是全程养藻，以藻相带动菌相，从而保持水生态系统物质循环顺畅，提高水体自净能力，保持良好水生态环境。
