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治疗的时候要考虑梭菌和球虫的存在。对于梭菌有效的成分是痢菌净和甲硝唑，但是现在国家已经禁止了，所以导致现在肠毒综合症的控制更困难。
对于肠毒综合症的治疗的时候，不但要考虑球虫和梭菌，还要注意使用的饲料是不是已经霉变。
治疗是最后的解决办法，我们怎么通过管理来尽量减少肠毒综合症的发生呢？
这里要明白，管理是减少，而不是杜绝。减少从两个方面来入手：
1、尽量杜绝鸡舍高温高湿环境，减少霉菌滋生过快。喂料的时候，一定要控料，减少饲料在鸡舍开放式储存的时间，从而减少霉菌滋生。这里就是控料和净料槽。
2、从肠道保健来减少发病几率。以前预防球虫和肠毒，一般在15天左右开始，但是随着现在对育雏湿度的提高，开始出现提前发病的态势。所以预防现在可以放在7天以后，减少后期发病率。
3、在预防球虫，肠炎的时候，需要考虑腺肌胃炎的预防。
4、在20多天进行球虫和肠毒的再次预防。这里要注意7天的时候预防的是球虫和肠炎，不是肠毒。这个时间是需要控制的是肠毒，这两个治疗方向是不一样的。
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