1、肥水困难
单胞藻繁殖所需条件为水温、光照、营养；其次要注意水体中的敌害生物，如果原生动物过多，会大量摄食藻类，必须杀死或者大量换水（引进新鲜藻种，排除大量敌害），再施肥；另外水体中有害物质含量过高（如重金属离子，pH值过高）会影响藻类繁殖，需施用有机酸解毒、降低pH；水体中藻类过于老化（水色灰暗或白浊），则藻类繁殖能力较差，也难肥水，解决方法是引进新鲜藻种再施肥肥水。
2、青苔滋生
青苔不但与单胞藻争夺水中营养，而且还会覆盖蛏田，使蛏田得不到充足饵料，甚至缺氧死于洞穴。一旦藻类繁殖不起来，还会引起水质过清，透明度变大，青苔又能得到充足的阳光加速其生长。
一种方法是先进行肥水，即排掉原塘中的一部分水，然后从外界补充新鲜的海水，最好从附近单胞藻浓度较高的塘口补充大量藻种，再肥水。另一种方法是药物杀灭，在减少对缢蛏刺激下进行杀灭，并对杀死的青苔进行捞取，待药效过后，大量换水，再引进含有新鲜藻种海水，重新肥水。为防止死苔腐烂变质、恶化底质，影响缢蛏的正常生活，必须使用底改剂。
3、水体过肥
一般发现于夏季后期，主要现象是水色深黄褐色，甚至发黑，透明度极低，即使大量频繁换水，不久仍然恢复原来的颜色。出现这种现象，有两个方面的原因：⑴ 水体中有机碎屑含量过高；⑵ 水体中单胞藻老化严重。特别是底质长时间未改良的（虾料投喂过多）的塘口，再加上长时间得不到换水，容易发生这类现象。
处理方法：在大量换水后，使用底改剂及调水产品，能够降低富营养化，使之逐步转变成清新、活爽的水色。对于单胞藻过浓的塘口，要注意防止缺氧，发现虾类有浮头现象，要及时增氧。
4、消毒剂、杀虫剂的使用
在蛏虾混养的塘口，由于脊尾白虾、对虾在防病、治病过程中不可避免地要使用消毒剂，而普通含氯、溴类消毒剂高浓度时对缢蛏有刺激作用，还会杀死水中部分单胞藻，对缢蛏生长造成一定的影响。
因此消毒时最好使用安全性能高的复合碘溶液，消毒后及时补充有益菌种，使水中菌藻保持相对平衡。由于杀灭虾纤毛虫常用硫酸锌，也会造成缺氧，最好在晴天上午使用，同时使用底改剂防止缺氧，之后用有机酸解毒。
