由于南美白对虾的健康受众多客观因素的影响，一旦发现黑鳃、烂鳃病，应及时、准确的处理，尽最大努力减少损失。具体做法如下：
1、加大换水量
在养殖后期水中会积累大量的有机碎屑，用换水来减少这些物质的危害是非常有效的方法。
2、选用碘制剂来进行水体消毒，用量适当加大，杀灭致病体和部分有害藻类，同时应开足增氧机，避免缺氧。
3、用底质改良剂与活菌微生物制剂，改良对虾生长环境。
4、内服药物
在发病早期投喂内服药物有较好的治疗效果，因为药物随饲料进入体内，在血液中形成一定的浓度，起到杀灭病菌的作用。
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