微生态制剂一般是指以调控养殖动物或养殖环境的微生态平衡为目的的微生物制剂，具有促生长、提高饲料利用率或增强饲料营养价值、增强动物对疾病的免疫能力或改善其周围环境的作用，还具有无毒副作用、无残留、不产生抗药性、不污染环境的特点。目前将微生态制剂分成3个类型，即益生菌、益生元和合生素。益生菌又称益生素，或活菌制剂；益生元是一类能够选择性地促进宿主肠道微生态平衡，促进机体健康的物质，如低聚糖类；合生素是指益生菌和益生元同时并存的制剂。
一、常见微生态制剂种类
1、芽孢杆菌
芽孢杆菌为革兰氏阳性菌，是普遍存在的一类好氧性细菌。该菌能以内孢子的形式存在于水生动物的肠道内并分泌活性很强的蛋白酶、脂肪酶、淀粉酶，可有效提高饲料的利用率，促进水生动物生长；它也可以通过消灭或减少致病菌来改善水质；芽孢杆菌还可以分解并吸收水体及底泥中的蛋白质、淀粉、脂肪等有机物以改善水质和底质。芽孢杆菌具有耐高温、耐盐、耐酸碱等特点，我国农业部公告中可用于饲喂动物的益生菌中包括地衣芽孢杆菌和枯草芽孢杆菌，其主要作用有调节水质、净化环境、抑制体内病菌生长、维护肠道生态平衡等。
2、光合细菌
光合细菌是能进行光合作用的一类细菌。其菌体含有丰富的蛋白质、多种维生素，以及生物素、类胡萝卜素、辅酶Q等生理活性物质。其可通过光合作用利用水中有机物迅速分解水中氨氮、亚硝基氮、硫化氢和有机酸等有害物质，抑制病原菌生长，稳定水质。其本身还具有耐低温，耐高盐度的特点。
3、乳酸菌
乳酸菌是一种能使糖类发酵产生乳酸的细菌。乳酸菌是肠道菌群本身的主要成员，耐酸性强，pH在3-4.5时仍然存在，它的作用有通过生物拮抗作用抑制大肠杆菌和沙门氏菌等致病菌的生长繁殖，降解有害物质，维持正常生态平衡，增强机体抗病能力。乳酸菌可以分解在常温下不易分解的木质素和纤维素，使有机物发酵转化成对动、植物有效的养分。
4、酵母菌
酵母菌是一群属于真菌的单细胞生物，含有丰富的蛋白质、维生素和多种酶，可增强饲料的适口性，为动物体提供养分，促进消化吸收。在有氧条件下，酵母菌可将溶于水的糖类转化为二氧化碳和水；在缺氧的条件下，酵母菌可利用糖类作为碳源进行发酵和繁殖酵母菌体。所以酵母菌能有效分解溶于池水中的糖类，迅速降低水体中的生物耗氧量。另外可中和肠道中毒素，有效抑制肠道病原体的繁殖，改善肠道微生态环境，从而增强机体的免疫能力及抗病能力，并可降低黄曲霉的毒性。
5、硝化细菌
硝化菌是自养菌，生长缓慢，尤其是亚硝化细菌无法利用现成有机物，与异养细菌相比，硝化细菌繁殖周期长，在水中不易形成优势种群，它可以氧化氨氮和亚硝酸盐为硝酸盐，形成可以被吸收的营养物质。
6、反硝化细菌
反硝化细菌由具有反硝化作用的微生物种群组成，主要是把硝酸盐或亚硝酸盐转变成氮气而释放出来，多用于处理底泥。在养殖池底层溶解氧低于0.5mg/L、pH值8～9的条件下，反硝化细菌能利用有机物中的底泥作为碳源，将底泥中的硝酸盐转化为无害的氮气排入大气中。反硝化过程能大量消耗池塘底层的发酵产物和沉积于底层的有机物，使底层污泥中有机物和硝酸盐的含量迅速减少，有效防止气候突变引起的水质剧变。
7、EM菌
EM是由光合细菌、乳酸菌、酵母菌等多种有益菌种复合培养而成的微生物群落，它们能通过共生增殖关系组成复杂而又相对稳定的微生态系统。EM中的有益微生物经固氮、光合等一系列分解、合成作用，可使水中的有机物质形成各种营养元素，供自身及饵料生物的生长繁殖，同时增加水中的溶解氧，降低氨、硫化氢等有毒物质的含量，维持养殖水环境的平衡。另外，EM菌还能在肠道内形成优势菌群抑制大肠杆菌的活动，并促进机体对饵料的消化吸收，使排泄物中的氨氮含量减少，起到净化水质、促进生长的作用。
8、低聚糖
低聚糖是一类寡糖，是水产养殖中常用益生元的一种。其中，功能性低聚糖不能被宿主直接吸收，但可特异性地增殖优势种群微生物，如双歧杆菌、乳酸菌等，同时也可抑制有害菌，提高机体免疫能力。
二、水产养殖中微生态制剂的应用
改良水质：当养殖水环境条件恶化时，致使有害菌大量繁殖，此时容易引起养殖动物诱发疾病。如果及时使用微生态制剂，因为其较高的微生物活性，使用后能迅速繁殖而成为优势种。不仅竞争排斥有害菌，维护水体微生物菌群的生态平衡，还可产生抗菌物质和多种免疫促进因子，活化机体的免疫系统，增强机体抗病力。同时微生态制剂中的有益菌进入水体后，迅速分解养殖动物的排泄物、残饵、动植物残骸等有机物，有效降低了水体氨氮和亚硝酸盐浓度，有机物分解后的眼泪为单细胞藻类生长繁殖提供了营养，其可进行光合作用，从而补充水体的溶氧，起到了改良水质的作用。
体内微生态改良剂，将其添加到饲料中用以改良养殖对象体内微生物群落的组成，提高鱼类抗病力。应用较多的有乳酸菌、芽孢杆菌、酵母菌、EM菌等微生态添加剂。饲料中添加微生态制剂投喂水产养殖动物后，进入养殖动物消化道，通过繁殖抑制肠道内有害菌的繁殖，促进有益菌群生长繁殖，调节体内的微生态平衡。如常见的乳酸菌能够产生乳酸降低肠道pH值，抑制有害菌的生长。同时，有益微生物还可产生各种消化酶，提高饲料转化率。
