刚孵化的甲鱼苗经过点数、消毒后进入温室养殖池，此时由于甲鱼刚孵化不久，体质较弱，易因外界因素影响产生应激而致病，在前期养殖过程中，水体消毒、内服保健、理化因子调控就显得尤为重要。
1、疾病预防
投苗药浴阶段，勿使用刺激性强的药物，可使用土霉素、碘制剂等进行药浴消毒。
在甲鱼养殖头三个月易病发的疾病主要有：白斑、纤毛虫病、腐皮、白点、爱德华氏菌病。平常查棚时须有目的性的对甲鱼进行观察，可分为体表监测、甲鱼活动度监测、摄食量监测。
养殖前期，水体可见度较高，容易引起真菌类疾病的爆发，因此可适当调高养殖水体温度至31℃左右，外泼水质培养基、饲料浆或豆浆降低水体透明度增加水体中微生物群落的多样性及数量级，从而在外部构建甲鱼良好的生存环境，降低发病率。结合疾病以防为主，以治为辅的方针，养殖前期应增强日常预防消毒，泼洒以戊二醛、氯制剂、生石灰、漂白粉等化学试剂为主的消毒剂，尽量少用抗生素类作为外泼药物。
2、内服保健
刚投放的甲鱼苗，肠道系统及本身的免疫体系较差，可以通过内服保健途径进一步加强。肠道系统可以通过添加微生物制剂及多维，参与构建甲鱼肠道的微生物菌群，使用剂量不可太高，避免引起甲鱼腹泻。日常饲料投喂可以结合维生素C、维生素E、葡萄糖、奶粉等营养物质，增强甲鱼自身免疫力。
3、理化因子调控
甲鱼养殖初期，应尽量避免应激反应出现，健全甲鱼消化、免疫系统，创建良好的生存环境：
溶解氧：处于养殖初期1个月以内，一般情况下是不需要增氧的，最好预制溶氧测试试剂或仪器，以便更好的检测养殖水体中的溶解氧。应保证一天当中水体溶解氧有16个小时的浓度为5mg/L，其余时间为3mg/L。至养殖第2个月时，开始启动外部充氧设施，为养殖水体进行充氧。
pH值：养殖水体pH值最好维持在7.2-8.2之间，为最佳的区间范围。如pH值出现偏差可通过换水或使用小苏打、生石灰进行调节。使用小苏打、生石灰时按照少量多次的原则，避免出现pH值波动过大造成甲鱼应激反应。
亚硝酸：亚硝酸化学分子式HNO2，是种弱酸，兼具有还原性和氧化性，极不稳定，通常是养殖水体中有机物分解过程的中间产物，易还原分解成NO2、NO和H2O；它被氧化时，即成为硝酸；也易与水体中的金属离子结合形成亚硝酸盐或硝酸盐，对甲鱼会造成极强的伤害，应保持其浓度小于0.1mg/L。养殖初期，甲鱼本身总重量小，排泄物及投饵量少，对于外部充氧要求更加严格。应配备亚硝酸检测试剂盒，时常对养殖水体进行检测，预防因亚硝酸偏高至甲鱼偷死。
