底质恶化就是养殖过程中的粪便、残饵、死藻、絮团等污染物大量沉积塘底，逐渐形成还原性的池底环境，再由细菌将污染物厌氧分解为含氮、含硫有机物，令底泥出现发黑、发臭甚至发酵生热的现象。底质恶化时pH偏低，氨氮、亚硝酸盐、硫化物偏高，溶氧降低，硬度下降；并常会伴随着藻类老化死亡、转水、泡沫、油膜、浑浊分层等水质现象；同时对虾也会出现红腿、红体、褐斑、黄黑烂鳃、白便、偷死等等症状，对养殖而言非常危险。防控底质恶化要注意以下几方面：
选用优质饲料，合理饲喂，并不定期控料并交替拌喂浓缩EM菌或生物解毒剂或降解三株或灭弧菌等活菌增强消化吸收，或交替内服应激活力素、肝肠99、芪黄参、β-康泰、肝胆康泰、生命初元等保肝健胃，减少饲喂污染。
禁用难溶的固体肥料，不定期用氨基肽肥或藻初源或糖类等补充水体碳源，促进有益菌相藻相繁殖。
定期补充矿物质产品（如钙黄金、石灰、石粉类等）促进有机物矿化分解。
定期（5-7天一次）不定期（天气变化前后）小区域频繁刮搅底泥，少量释放池底毒素，以免毒素集聚中毒。并及时用解毒元+生物解毒剂或降解芽孢或利水菌或生物分解底改解毒改底分解池底毒素。
定期不定期的在喂料区域干撒科环底优或活性铁甲氧化底部沉积的污染物。并注意增加底氧。养殖后期可以每餐将久氧片（一包混合20斤料）与饲料混合投喂，防止鱼虾抢料时溶氧不足。
特别注意蜕壳期时加大底氧增加频率（4-5小时一次），防止蜕壳缺氧中毒偷死。
