这段时间雨水多，天气不好，调水产品很难用下去，水质差，是引起发烂鳃病的重要原因，同时也为烂鳃病的治疗增加了难度。水体中原本有些条件致病菌，随着水质长期变差，导致细菌的毒性增强，致病性增加。寄生虫随着洪水四处传播，让鱼体受到侵袭，而为细菌的感染大开方便之门。因为鱼要时时刻刻通过鳃和水体交换溶氧，所以最容易患上细菌性烂鳃病。
鱼塘的底质是细菌繁殖的温床，相当于一个天然的培养基。所以在进行水体消毒时，不能忽视对鱼塘底质的改善。如用底改片改底。这段时间的草鱼，是爆发烂鳃病最多的，尤其以柱状黄杆菌引起的细菌性烂鳃病，很多人单纯的使用外用消毒药，这是很难将其治愈的。
柱状黄杆菌在草鱼上曾被称为鱼害黏球菌、柱状屈桡杆菌等，在水温15度以上开始发病，水温在15-30度范围内，水温越高，越容易爆发流行，致死时间越短，死亡率越高，所以夏季正是这个疾病的高发期。
现场诊断，发现鱼离群独游，反应迟钝，游动缓慢，体色发黑，尤其头部更黑，鳍条有蛀鳍烂尾的现象，鳃丝肿胀，黏液多，鳃丝末端腐烂缺损，软骨外露，有时鳃丝还带有污泥和腐屑物，偶尔在鳃上还可发现有血斑。就可以初判为柱状黄杆菌。当剪取鳃丝末端的黏液和鳃丝，置于玻片上，加上2-3滴纯净水盖上玻片，放置二三十分钟后，在显微镜下用1000-1600倍观察，发现在大量细长、滑行的杆菌，形似火柴棒，即可大致确诊。
在治疗上，内服败毒散或菌多克，如果已经用过酰胺酵类（氯霉素类）、喹诺酮类抗生素，那么用量则要在原有基础上加量。有时还要加倍的使用剂量才有效。但在用药过程中，经常由于药物的适口性，虽然剂量是增加了，但鱼不开口吃，或是出现吃了又吐的现象，也会影响用药的效果。此时建议选用包被的抗生素，如狄诺康。同时要注意疗程，死亡量大，烂鳃严重的可能要内服到4-5天才有效，完全治愈可能要7-9天。
