水产动物的诊断包括水产动物临床诊断，病理诊断及流行病学调查三个方面。虽然三个方面使用的方法不同，但都能有助于解决诊断问题。流行病学调查主要在养殖现场进行，针对的是发病群体和整个养殖环境。主要调查内容如下：
1.群体中疾病发生的形式和度量
疾病发生的形式：就是疾病在养殖群体中的流行强度，描述疾病流行的术语有以下四种：地方流行，流行，大流行，散发流行。
疾病发生的度量：在描述疾病时一般计算疾病在不同时间，不同地区和不同群体中的频率，常用的描述有:发病率，死亡率，病死率，患病率，感染率。
2.疾病在养殖动物种群中的分布
疾病的种群分布：是指对不同年龄，性别，种和品种等特征的种群，进行发病率，患病率和死亡率水平的描述和比较。这有助于了解影响疾病分布的因素，探索病因，并为防治工作提供依据。
3.疾病的时间分布
疾病的发生频率随时间的推移而不断变化，流行形势由散发而流行，甚至消失。描述疾病的时间分布和变化，有助于判断传染病疫情的发展动态，探索不明疾病的原因。
4.疾病的地区分布
疾病的分布往往具有明显的地区性，有些疾病可以遍布全球，有些疾病只分布在一定地区。即使是同一种疾病，在不同地区不同养殖场的发病率往往也不一致。
影响地区分布的因素十分复杂，自然地理因素，媒介生物，中间寄主，贮存寄主和终寄主的分布，饲养管理水平和公共卫生状况等，都能影响疾病的地区分布。
5.感染的传播和维持
感染的传播可分为水平传播和垂直传播两种。水平传播是从动物群体的一部分传播给另一部分；垂直传播是指母体将感染传给下一代。不同的传染性病原体进入或离开一个宿主都有一定的部位，这就决定了传播途径。
感染的维持则依靠病原体对宿主内，外不利环境的抵抗，如形成荚膜等。感染维持的方法很多种，如形成包囊，病原体产生抵抗型（芽孢），传播过程中在宿主体内“快进快出”，病原体在宿主体内持续存在等。
6.环境因素
水生动物受环境影响很大，疾病的发生，发展和流行均与养殖环境有关。调查内容应包括水化学因子，如水温，光照，溶解氧，酸碱度，硬度，盐度，耗氧量，氨氮，硝酸根离子等其他水质和地质情况；水域中的生物因子，包括生物种类，种群密度，饵料生物和底栖生物等，探索与疾病发生的关系和规律。
通过流行病学调查，可以探索什么（反应动物群体疾病的性质和频率），哪些个体发病，什么地方发生疾病，由什么引起（与发病频率和方式直接或间接有关的决定因素），为什么发病，如何控制和预防等重要信息和规律。
