通过科学消毒，切断传染病的传播途径，就可以预防和防止疾病的感染、发生、蔓延和流行，能够有效的提高养鸭场生产效益。
选择合适的消毒剂依据高效、广谱、经济、副作用小的原则选择消毒药物，并注意严格按照消毒药物的使用说明调配消毒药物，提高消毒药的效力，达到消毒的目的。常规消毒用2%～3%烧碱溶液、氯制剂、季铵盐类、碘制剂等喷雾消毒，高锰酸钾溶液、醛类熏蒸消毒，20%的石灰乳地面消毒。
鸭粪消毒每月进行彻底消毒一次，清理运动场上的粪便，将鸭舍内的垫料清理出来，用干燥清洁的垫草代替，鸭粪可用堆积生物热发酵，并在粪堆表面喷消毒药液的方法消毒。
人员消毒养鸭场工作人员在进入生产区之前，必须更换消毒过的工作服及胶鞋等，并在紫外线灯下消毒10分钟左右后，方可进入鸭场，严禁外来人员进入养鸭场内。
