近年来我国淡水养殖环境的日益恶化，导致各种病害的频繁发生，为了控制疾病，各种抗生素类药物的滥用又直接导致水体中正常微生态环境的失衡。面对这样的水产养殖状况，生物肥料成为首选。
现在，各种生物肥料以其天然、无毒无副作用、无污染、无残留和廉价、高效、安全可靠的优越性，正在被各个生产企业广泛的应用和推广，为社会创造了较大的经济效益，客观上推动着淡水水产养殖业的发展。
使用微生态制剂调节水质有两大功能：一是改良水质。微生态制剂中的有益菌进入水体后，发挥其氧化、氨化、反硝化、硝化、硫化、解磷、固氮等作用，迅速分解水产养殖动物的排泄物、残存饵料、动植物残骸等有机物，有效的降低水体氨氮、亚硝酸盐浓度。有机物分解后的盐类为单细胞藻类生长繁殖提供了营养，单细胞藻类的光合作用，又提高了水体的溶氧。因此，构筑、维持了良好的生态水环境。二是防病。养殖水体中施放了微生态制剂的有益菌，其不仅竞争性排斥病原菌，维护水中微生态菌群的生态平衡，避免水生生物遭受病原菌的侵袭而发病，而且还可以产生或含有抗菌物质和多种免疫促进因子，活化机体的免疫系统，强化机体的应激反应，增强抵抗疾病能力和提高存活率。
所谓生物肥料，就是含有有益微生物的高效新型复合肥料。水产养殖的专用的生物肥料，一般由有机质、无机营养物质、微量元素、有益菌群和生物素、肥料增效剂等复合而成。其既能培肥水体，促进鱼、虾、蟹、蚌饵料生物的大量繁殖生长，又能改善水质、减少病害、有效避免泛塘，促进鱼、虾、蟹、蚌迅速生长。有关实验和使用表明，使用生物肥料养殖，其成本较传统的碳铵、磷肥低，但养殖效果明显优于传统的碳铵、磷肥养殖模式。
在淡水养殖中，应用生物肥料有四大优点：首先，起肥迅速、肥效持久。如果是在晴天上午使用，第二天就能看出水色明显变化，正常情况下，肥效可长达10天左右。培肥的水色以硅藻和隐藻、绿藻等饵料价值高的黄绿色至黄褐色为主，与传统碳铵、磷肥的黑绿色和蓝绿色水色有明显区别。其次，能调节水质，改善水质。生物肥料中所含的微量元素除供给水生生物直接利用外，还可与水体底质中的某些有害物质结合，解除毒性，减少对养殖动物的毒害，同时，通过肥料中有益微生物的作用，可降低水体中悬浮物及降解亚硝酸盐、氨氮、硫化氢等，对调节水质，改善底质有很好的作用。第三能增加溶氧，减少浮头和泛塘的现象发生。除水质调节能提高水体的溶氧外，生物肥料中的生物素可提高水体中藻类的新陈代谢，增强光和作用效率，合成较多的有机物和氧气，有效的避免缺氧现象。最后能提高水产养殖动物的免疫能力，达到预防疾病的目的。生物肥料的生产工艺，一般经微生物固体发酵处理，肥料中的致病菌能被有效的抑制，其所含的微量元素能改善水生生物的生理机能，提高其免疫力，增强抗病能力。同时，水体环境的改善，水中溶氧的增加，也可减少疾病的发生。
