合理用药首先在于正确地选择药物。如上所述，虾病防治中可供选择的药物种类繁多，而又没有任何一种药物可以包治百病。不同药物具有不同的特点和作用范围，因此，只有对症下药才能收到预期的效果。
在选择虾病治疗物药时，首先要区分虾病的类型。虾类疾病大致可以分为生物性和非生物性两大类:前者一般为传染性虾病，也是目前生产上流行最广，危害最大的一类。传染性虾病包括病毒性、细菌性、真菌性、原生动物和后生寄生虫性等几类。不同类别的虾病由于其病原生物在分类学上隶属的系统或阶元不同，而对药物具有不同的敏感性。例如细菌一般对抗生素类药物比较敏感，而病毒、真菌及原生动物等则不甚敏感。
但是，即使是同一类虾病，也会因病原体不同而表现出不同的药物反应。例如同是细菌性虾病，如弧菌属中的鳗弧菌(Vibrioanjuillarum)、溶藻酸弧菌(V.alginolyticus)或者副溶血性弧菌(V.parahaemolvticus)等，它们对同一种药物的反应多少有异。因此在初步判别出虾病类别后，最好能进一步鉴定出病原体的种类，才能最终确定选择哪一种药物治疗最有效。
应该指出的是，原先对某一种或某一类病原菌有效的药物，会因长期使用而导致病原菌产生抗药性。从而丧失或者降低其杀菌或抑菌效力。因此，在选择药物时，还应掌握具体问题具体对待的原则。
在选择虾病预防药物时，由于难以发现可能出现的虾病类别或者病原体的种类，因而增加了选择药物的难度。但虾病不外乎是环境压力，病原体影响和对虾体质条件强弱这三者关系的结果。
即人们所说的致病三因素。药物预防虾病的原理就在于利用药物达到控制病原生物，或者改善环境条件，使虾病不能发生。因此，在选择虾病预防药物时，可以根据要达到的预防目的，确定选择哪一类或哪一种药物。例如，如果要消除虾池底泥中的硫化氢毒害或者降低水体中氨氮浓度，达到改善环境的目的，则以选择硅酸铁、沸石或者一些氧化剂效果较好；如果以杀灭或抑制病原微生物为目的，则以选择漂白粉、硫酸铜或者其他一些消毒剂的效果为好，同理，若要杀灭或抑制虾体内的病原细菌，则以使用无毒或者低毒的抗菌素为宜。
但是，在选择虾病防治药物时，仅仅考虑到药物的疗效是不够的。一些药物，象福尔马林、孔雀绿、硫酸铜等，虽然有较好的疗效，但对虾类也有较大的毒副作用。此外长期使用这些药物还会造成环境污染及其它不良后果。另外，考虑到虾病防治一般用药量较大，成本较高，应此在选用药物时还应掌握可行性的原则。
