蛋白质别离器的实质即是一台综合性的气浮别离机。即以气浮别离的方式对水中的悬浮杂质进行撇除。因为在气浮的时同，鼓入了很多空气或臭氧，使反响桶内的水质发生了很多的改变，根本的影响如下：
一、如果射流器鼓入的是空气，则水中的溶氧量会大大添加，关于循环水饲养来讲，溶氧量添加对高密度饲养是非常有利的；
二、水中的溶氧度添加，水体的ORP即氧化复原电位会明显上升。这样，水中某些具有复原性的离子会被氧化。如亚铁离子会被氧化成铁离子。在此过程中，这些离子会消耗掉一部分氧气。详细消耗多少要依水中复原性离子或悬浮物的多少而定；
三、空气与水在气浮的过程中充沛接触，致使二氧化碳的溶解量添加。这样会下降水体的PH值。但毕竟空气中的二氧化碳含量极低，所以在很多气泡的效果下，水中本已溶解的二氧化碳会分出。两者相抵后，水中一切的二氧化碳总量会减少。致使终究水的PH值升高（碱性增强）。二氧化碳会与水中的钙、镁离子结合生成碳酸钙或碳酸镁沉淀。然后下降水的硬度；
四、在去除水中的氨氮的一切办法中，最为经济的一种办法即是空气吹脱法，蛋白质别离器在气浮别离的过程中，很多的气体从水中溢出，能够在某种程度大将水中的氨氮带走。并且水中的氨氮含量越高，空气吹脱的效果越明显；
因些主张与蛋白质别离器配套的臭氧发生器应选用一体化臭氧发生器。这样能够在第一时间将氮气扫除，有效地避免水中亚硝酸盐的污染。
