罗非鱼的健康养殖是关系到能否取得预期经济成效的大事，甚至是关系到食用者健康的大事。做好这项工作，关键是增强资源利用和环境保护兼顾意识。
生产的水产品，注意具备规范化、标准化、产业化生产的基本条件。也要从日常管理中消除健康隐患，例如做好容易忽视的消毒工作。
首先，做好养殖场所的消毒工作。包括池水使用生石灰消毒或使用漂白粉全池泼洒，用生石灰或漂白粉干法清塘，经烈日曝晒和冰冻，可杀死许多病菌和寄生虫卵，为鱼类创造良好的栖息场所，是增产非常重要的措施之一。
其次，是食场消毒和工具消毒。在鱼病流行季节还要定期进行食场消毒和经常性注意投饲卫生，泼洒漂白粉水溶液是一种比较行之有效的方法。生产工具，尤其是接触病鱼、死鱼的工具一定要用5％漂白粉水溶液浸泡消毒，除了对水体、食场、工具用生石灰、漂白粉等药物彻底消毒外，也要坚持苗种消毒。鱼种入池前应用药物浸洗法消毒，在消毒前应先抽样检查鱼体上病原体情况，有针对性地采用相应的药物消毒。
通常都是用药浴法，即将鱼放入较高浓度的药液中，经过一定时间的洗浴，杀死鱼体上的病原体。一般先要检查鱼体，确定将要杀灭的病原体种类，再选用适宜的药物。药浴时间的长短，依鱼体大小、种类、水温、药液种类及浓度和鱼的耐受力灵活掌握。可按照一般给鱼消毒的剂量，用食盐2％～5％浸浴5分钟，或用漂白粉水溶液浸洗10～30分钟。
在鱼病流行季节还要定期进行食场消毒和经常性注意投饲卫生，泼洒漂白粉水溶液是一种比较行之有效的方法。
平时管理时，用具和网具也应定期消毒。
在罗非鱼的养殖中，消毒和预防鱼病的药物最常用的有：
1．食盐：配制浓度为2％～4％，浸洗5～10分钟，主要预防三代虫病和指环虫病等。
2．硫酸铜：使用浓度为每立方米水体8～10克，浸洗10～20分钟，主要预防车轮虫等在鱼体表寄生的原生动物病。
3．漂白粉：使用浓度为每立方米水体10～20克，浸洗时间10～15分钟。具体时间可根据水温及鱼的活动情况灵活掌握。可预防体表及鳃部的细菌性鱼病。
4．敌百虫：使用浓度为每立方米水体10克，浸洗时间15分钟，可预防部分原生动物、指环虫和三代虫等病。
5．漂白粉和硫酸铜（10:8）合剂：浸洗10～20分钟，用药期间注意观察鱼的活动情况确定用药时间。主要预防细菌性皮肤病，鳃病及大部分原生动物引起的皮肤病和鳃病。
从杀菌目的来说，以生石灰和漂白粉两种最为经济，杀虫用的药物以硫酸铜和硫酸亚铁合剂用的较多。
投喂药饵因为要将药拌入饵料中进行投喂，所以人工颗粒饲料一般将药物、鱼饵以及黏合剂按比例混合，制成含药颗粒饵料投喂。中草药饵，可以将药物混合于黏合剂中调成糊，然后将其涂洒在草料上，略干后投喂，常用的口服药有鱼服康A型、B型及肠炎灵、大蒜素等。
