蓝藻在6－9月容易大量繁殖。它们喜高温和强光，温度高，繁殖得就快。不过，这种高温天气谁都避免不了，想从温度变化上想法子是不可能的。
要从根本上控制蓝藻，就必须控制氮和磷，即蓝藻所需要的营养。
1.对付蓝藻的第一招就是抢食。蓝藻喜欢氮、磷比较高的水体，它是以池塘中的氮和磷为营养的。
养殖户可选择光合细菌、芽孢杆菌这些有益微生物，它们和蓝藻一样，都是靠吸收氮、磷生存的。这样说来，向池塘中泼洒这些微生物制剂，就可以依靠它们去抢夺蓝藻的营养源。因为这些有益的微生物繁殖的速度非常快，再说合成能力又非常强，利用氮磷的能力又非常强，所以说在它优先利用了氮磷以后，蓝藻的数量就要下降。
有益微生物有着自己先天的优势。俗话说，近水楼台先得月，蓝藻主要分布在水的中上层，光合细菌、芽孢杆菌这些有益微生物大部分都附着在池塘底层的底泥上。而底泥中含有大量的氮、磷，有益微生物离得近，自然抢得过蓝藻。
池塘里主要的氮、磷来源是池塘的底层，这些有益微生物主要分布在池塘的底层，那么从它的易得性上来讲，从它的营养元易得上来讲，它容易得到，有易得性；从它利用价值、利用繁殖速度上讲，它的繁殖速度又比较快，利用率又比较高。
吃同样的食物，有益微生物离得近、抢得快，就会迅速地发展壮大，繁衍出更多的子孙后代和蓝藻抢食。不过，微生物繁衍得多了，也需要生活的地方，这时候还要给它们“安家”，增加更多可附着的点。具体的办法就是挪动增氧机，利用增氧机造成的气泡上下翻滚来搅动池塘不同地区的底泥，给微生物提供可附着的环境。池塘不同地方的底泥都被搅动开了，每一颗泥土颗粒都可以成为微生物的家，有益微生物就有更多的地方可以安家了。安家以后的微生物，就能充分发挥跟蓝藻抢食的作用了。
2.对付蓝藻的第二招就是从根本上控制营养源，也就是让蓝藻没东西吃。往饲料里长期添加微生物制剂能够减少饲料组胺、氮、磷往池塘水中的排泄，从而达到降低氮磷的目的。
鱼儿本身就是氮、磷的制造者，它们的粪便可以分解成氮和磷。在饲料中添加一些有益的微生物，就可以促进鱼儿的消化吸收。消化好、长得就快，而且，更重要的是氮、磷的数量也会下降。
有益微生物在肠道里大量散布，使其饲料能够充分消化吸收分解，从而达到了它排泄粪便过程中氮磷的数量下降。同时，它的粪便中带入了大量的有益微生物，这样每一条鱼都是有益微生物的生产工厂，那么池塘里会不断地补充有益的微生物。
排出的氮、磷数量减少，就从源头上控制了蓝藻的营养源。而且，有益微生物还可以随着鱼儿的排泄物到水里，再去吸收水中的氮磷。
3.对付蓝藻的第三招就是套养花白鲢或罗非鱼。鲢鱼是滤食性的鱼类，蓝藻可作它们的饵料。对一些老池塘可以加大花白鲢的投放量，部分新池塘可适当降低花白鲢的投放量。每亩放养300尾花白鲢是控制蓝藻最合适的比例。投放花白鲢也要讲究时机，在春季就要提前做好准备，调整好池塘的养殖结构，形成一个良性的生物链。
芽孢杆菌等本身就是白鲢的一种很好的天然饵料，白鲢能够直接利用这些有益微生物。通过这种模式，就能达到整个池塘的菌、藻、鱼和各种有机物质之间的一种动态平衡。池塘形成了良性循环，蓝藻就不会大规模暴发了。
罗非鱼也可以吞食蓝藻，因此可在池塘中放养一定数量的罗非鱼，这样能收到抑制蓝藻繁殖和净化水质的效果，能变害为利，收到一举两得之效。
