鱼的消化系统主要包括消化道和消化腺两部分。软骨鱼类的直肠开口于泄殖腔，泄殖腔是直肠末端略微膨大而成，输尿管和生殖管均开口于此腔。泄殖腔以单一的泄殖孔通向体外。硬骨鱼类的直肠末端有独立开口的肛门，位于生殖孔之前。
消化道分为口腔咽、食道、胃、肠、泄殖腔（软骨鱼类）或肛门（硬骨鱼类）。
1、口咽腔：鱼类的口和咽没有明显界限，出现鳃的部位为咽，其前方为口腔，一般合称为口烟腔。口烟腔内有齿、舌和鳃耙等构造，它们都因鱼的食性而不同。口裂的大小及形状与食性和摄取饵料的大小有关。肉食性鱼类，如狗鱼、鲑鱼和鲈鱼等，口裂一般都很大；杂食性和植食性鱼类则相对较小。鱼类的口由上下颌围绕而成，鱼类已经进化为有颌类动物。上、下颌虽然有牙齿，但只有捕捉和咬住食物的作用，无咀嚼功能。牙齿的性状多样，形状与食性有关，肉食性的牙齿较尖，食草性的草鱼牙齿，如咽喉齿有栉状突起以切割水草。
2、大多数鱼类食道很短，内壁具有黏膜褶，以增强扩张能力。食道壁粘膜层的腹层上皮中有丰富的粘液分泌细胞，能分泌黏液以辅助实物吞咽，有的还有味蕾。少数无胃鱼类的食道还能分泌消化酶。食道的肌层发达，以环肌层较厚，外边的纵肌层较薄，均为横纹肌，在与胃交界处有食道括约肌。
3、胃紧接食道后面，为消化道的膨大部分，靠近肠的一端为幽门部，两者之间为胃底。胃的大小与食性有关，草食性和杂食性鱼类的胃分化不明显，但肠管较长。肉食性鱼类不仅有胃，有些硬骨鱼类在胃与肠交界处还生有幽门盲囊的突起。其机能一般认为与分泌和吸收有关。幽门盲囊的数目可作为分类的依据之一。有的鱼类甚至无胃，如许多鲤科鱼类。胃壁的组织结构与其他脊椎动物相似，从内向外依次为粘膜层、粘膜下层、肌层和浆膜。黏膜上有分泌粘液、胃蛋白酶和盐酸的各种细胞。有些鱼类在胃底的黏膜褶深处增厚而形成简单的或分支的管状腺，由许多起分泌作用的腺细胞组成，开口于凹镉处。腺细胞和其他脊椎动物胃腺的主细胞相似。胃腺细胞富有粗面内质网，基部含有酶原样的分泌颗粒，可通过胞吞作用从细胞顶部释放出来。一些鱼类的幽门部没有分泌作用，而又丰富的血管，可能有吸收作用。肌层由平滑肌组成，内层为较厚的环行肌，外层为薄的纵行肌。环形肌在幽门部特别发达，形成幽门括约肌。
4、鱼类肠的分化多数不明显，软骨鱼类可明显辨出小肠和大肠两部分，小肠又分为十二指肠和回肠，回肠内具螺旋瓣，螺旋瓣增加了肠的吸收面积，并起到延缓食物向后移动的作用，这种以螺旋瓣来增加吸收面积的方式是一种原始的方式。大肠有分为结肠和直肠。硬骨鱼类的肠内一般无螺旋瓣。
软骨鱼类的直肠开口于泄殖腔，泄殖腔是直肠末端略微膨大而成，输尿管和生殖管均开口于此腔。泄殖腔以单一的泄殖孔通向体外。硬骨鱼类的直肠末端有独立开口的肛门，位于生殖孔之前。
鱼类肠道的上皮起源于内胚层，其他结构来自中胚层，位于鱼体腹腔内，接于食道（无胃鱼）或胃（有胃鱼）后，止于肛门，是行使消化吸收功能的重要器官。鱼类肠道虽不像高等脊椎动物那样有明显分化，而是有相似的细胞组成，没有消化吸收功能上的严格分区，但其组织学特点与其消化功能也存在许多一致性，显示了这种适应性。
鱼类肠道组织可分为四层，即粘膜层、粘膜下层、肌肉层和浆膜层。
粘膜层的上皮由单层柱状上皮细胞构成，其间散布不少杯状细胞。杯状细胞能分泌消化酶，且分泌黏液，借以保护上皮细胞而润滑食物使之易于通过。柱状上皮细胞起吸收作用，边缘具有线状直纹，称为纹状缘，即电镜下所见的微绒毛，这种结构可以增加吸收面积。肠道是体内最大最复杂的免疫器官。近年研究发现，肠道营养可保护肠道黏膜和免疫系统，有调节免疫细胞活性和细胞因子产生等作用，可减少感染等并发症和降低死亡率。鱼类肠道前、中、后部组织结构基本相同，其差异主要表现在粘膜层，其中皱褶的高低和疏密、上皮细胞的高低与纹状缘的发达程度，以及杯状细胞数量的多少等方面，差别较为明显。研究认为，肠道粘膜不仅是消化吸收营养物质的场所，而且还是一道防御屏障。
鱼类肠道是一种管状的消化器官，其功能可以概括成如下几个方面：
第一、储存：鱼类肠道接受由胃或食道来的食物，故有容纳功能。这在无胃鱼更显得重要，这类鱼的肠道前段常见有膨大部分。肠道还将食靡逐渐向后推送，逐渐完成消化作用，执行着运输功能。另一方面，营养物质必须经过肠壁吸收进入血管和淋巴管后才运送到全身各处。
第二、消化：动物营养的首要过程是消化，鱼类不如高等的哺乳类，本身没有肠腺，只有肠上皮杯状细胞分泌一些酶类，所以，消化酶遍布于肠道。鱼类肠道同样存在着蠕动、分节运动、摆动等运动，这些都有重要的消化意义，而微生物消化不如哺乳动物特别是反刍类重要。肠外器官如肝胰腺等通过分泌大量的消化液帮助肠道完成消化作用。
第三、营养吸收：肠是吸收营养物质的主要器官。经各种消化作用后形成的小分子物质，如氨基酸、小肽、葡萄糖、甘油和脂肪酸等进入血液和淋巴的过程，由肠道和幽门盲囊中的柱状上皮细胞完成。
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