南美白对虾的主要疾病有对虾白斑综合症病毒病、肝胰脏细小病毒病、桃拉综合症病毒病及传染性皮下及造血组织坏死病、红体病（由嗜水气单胞菌、副溶血弧菌等细菌引起），还有由细菌引起的烂眼病、烂鳃病、烂尾病等。南美白对虾的白斑综合症病毒病与细菌等并发感染时死亡非常严重，这是目前威胁南美白对虾养成的主要疾病。
防病的基本原理是：优化生态环境，保证营养需求，增强对虾体质，增强对虾抗病能力；杜绝或减少虾体和水环境中病原体的数量；控制细菌或支原体等的并发感染，池塘的严格消毒及使用无特异病原虾苗是首要条件。高温期可利用过氧化氯或季胺盐类或含氯消毒剂定期消毒。利用药物饲料控制细菌或支原体等疾病，并可减轻或推迟甚至避免白斑综合症病毒病的暴发，如在早、中、晚期各用1个疗程的恩诺沙星药饵（0.05～0.08％），也可用罗红霉素（0.01～0.05％）药饵等，1个疗程3～5天，治疗时量可加倍。对虾出池前20天停用抗菌素药物。饲料中添加有益菌和维生素C可增强对虾体质，抑制致病菌的繁殖，防止虾病的发生。保持池水盐度和水温的相对稳定，减少对虾适应环境剧变的能量消耗，可防止疾病的发生和暴发。
